APAF1

APAF1
PDBに登録されている構造 PDB オルソログ検索: RCSB PDBe PDBj PDBのIDコード一覧 1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
識別子
記号	APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
外部ID	OMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: APAF1
遺伝子の位置 (ヒト) 染色体 12番染色体 (ヒト)[1] バンド データ無し 開始点 98,645,290 bp[1] 終点 98,735,433 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス) 染色体 10番染色体 (マウス)[2] バンド データ無し 開始点 90,989,311 bp[2] 終点 91,082,770 bp[2]
RNA発現パターン さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 • 熱ショックタンパク質結合 • ADP binding • 血漿タンパク結合 • identical protein binding • ATP binding • ヌクレオチド結合 • cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process 細胞の構成要素 • 細胞質 • 細胞質基質 • エキソソーム • 細胞核 • アポトソーム • 細胞外領域 • secretory granule lumen • ficolin-1-rich granule lumen • 高分子複合体 生物学的プロセス • cellular response to transforming growth factor beta stimulus • neuron apoptotic process • regulation of apoptotic process • 細胞分化 • 低酸素症への反応 • response to nutrient • response to G1 DNA damage checkpoint signaling • 老化 • positive regulation of apoptotic signaling pathway • glial cell apoptotic process • 神経系発生 • 多細胞個体の発生 • cardiac muscle cell apoptotic process • intrinsic apoptotic signaling pathway • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress • neural tube closure • 脳発生 • positive regulation of apoptotic process • apoptotic signaling pathway • 前脳発生 • regulation of apoptotic DNA fragmentation • protein homooligomerization • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c • アポトーシス • 好中球脱顆粒 • negative regulation of G0 to G1 transition • 腎臓発生 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
種	ヒト	マウス
Entrez	317	11783
Ensembl	ENSG00000120868	ENSMUSG00000019979
UniProt	O14727	O88879
RefSeq (mRNA)	NM_001160 NM_013229 NM_181861 NM_181868 NM_181869	NM_001042558 NM_001282947 NM_009684
RefSeq (タンパク質)	NP_001151 NP_037361 NP_863651 NP_863658 NP_863659	NP_001036023 NP_001269876 NP_033814
場所 (UCSC)	Chr 12: 98.65 – 98.74 Mb	Chr 12: 90.99 – 91.08 Mb
PubMed検索	[3]	[4]
ウィキデータ
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APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）はアポトーシスに関与するタンパク質で、線虫Caenorhabditis elegansのCED-4のヒトホモログである^[5][6][7]。

機能

APAF1遺伝子は、アポトーシス調節ネットワークの中心的なハブの1つを形成する細胞質タンパク質をコードする。APAF1タンパク質は（N末端から）CARDドメイン（英語版）、ATPアーゼドメイン（NB-ARC）、短いヘリカルドメイン、そして数個のWD40リピートドメインを含む。シトクロムcとdATPの結合に伴って、オリゴマーからなるアポトソームを形成する。アポトソームはカスパーゼ-9前駆体を結合して切断し、成熟した活性化型として放出する。この反応の正確な機構については未だ議論があるが、アポトソームはカスパーゼ-9の二量体化を誘導し、その後に自己触媒が行われることが示唆されている^[8]。活性化されたカスパーゼ-9はその後カスパーゼカスケードを刺激し、細胞をアポトーシスに従事させる。

選択的スプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする7種類のバリアントが産生される^[5]。

構造

APAF1は6本のヘリックスからなるグリークキーモチーフを持つCARDドメイン、ロスマンフォールド型のヌクレオチド結合ドメイン、短いヘリカルモチーフ、ウィングドヘリックス（winged-helix）ドメインを含む^[9]。

相互作用

APAF1は次に挙げる因子と相互作用することが示されている。

• APIP（英語版）^[10]
• BCL2L1（英語版）^[11][12]
• CASP9^{[10][11][12][13][14]}
• HSPA4（英語版）^[15]
• NLRP1（英語版）^[14]

出典

1. ^ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120868 - Ensembl, May 2017
2. ^ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl, May 2017
3. Human PubMed Reference:
4. Mouse PubMed Reference:
5. ^ “Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1”. 2021年11月7日閲覧。
6. “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021. 
7. “Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization”. Cytogenetics and Cell Genetics 87 (3–4): 252–3. (1999). doi:10.1159/000015436. PMID 10702682. 
8. “The apoptosome activates caspase-9 by dimerization”. Molecular Cell 22 (2): 269–75. (Apr 2006). doi:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894. 
9. “Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP”. Nature 434 (7035): 926–33. (Apr 2005). doi:10.1038/nature03465. PMID 15829969. 
10. ^ “Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein”. The Journal of Biological Chemistry 279 (38): 39942–50. (Sep 2004). doi:10.1074/jbc.M405747200. PMID 15262985. 
11. ^ “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC22498/. 
12. ^ “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720. 
13. “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557. 
14. ^ “A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis”. The Journal of Biological Chemistry 276 (12): 9239–45. (Mar 2001). doi:10.1074/jbc.M006309200. PMID 11113115. 
15. “Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70”. Nature Cell Biology 2 (8): 476–83. (Aug 2000). doi:10.1038/35019510. PMID 10934467. 

関連文献

• “The WD repeat: a common architecture for diverse functions”. Trends in Biochemical Sciences 24 (5): 181–5. (May 1999). doi:10.1016/S0968-0004(99)01384-5. PMID 10322433. 
• “Diva vaccines that reduce virus transmission”. Journal of Biotechnology 73 (2–3): 195–205. (Aug 1999). doi:10.1016/S0168-1656(99)00121-2. PMID 10486928. 
• “Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones”. DNA Research 9 (3): 99–106. (Jun 2002). doi:10.1093/dnares/9.3.99. PMID 12168954. 
• “Role of Apaf-1, a key regulator of apoptosis, in melanoma progression and chemoresistance”. Experimental Dermatology 14 (11): 811–8. (Nov 2005). doi:10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x. PMID 16232302. 
• “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021. 
• “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557. 
• “Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VIII. 78 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro”. DNA Research 4 (5): 307–13. (Oct 1997). doi:10.1093/dnares/4.5.307. PMID 9455477. 
• “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720. 
• “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC22498/. 
• “Autoactivation of procaspase-9 by Apaf-1-mediated oligomerization”. Molecular Cell 1 (7): 949–57. (Jun 1998). doi:10.1016/S1097-2765(00)80095-7. PMID 9651578. 
• “Apaf1 (CED-4 homolog) regulates programmed cell death in mammalian development”. Cell 94 (6): 727–37. (Sep 1998). doi:10.1016/S0092-8674(00)81732-8. PMID 9753320. 
• “Diva, a Bcl-2 homologue that binds directly to Apaf-1 and induces BH3-independent cell death”. The Journal of Biological Chemistry 273 (49): 32479–86. (Dec 1998). doi:10.1074/jbc.273.49.32479. PMID 9829980. 
• “WD-40 repeat region regulates Apaf-1 self-association and procaspase-9 activation”. The Journal of Biological Chemistry 273 (50): 33489–94. (Dec 1998). doi:10.1074/jbc.273.50.33489. PMID 9837928. 
• “Boo, a novel negative regulator of cell death, interacts with Apaf-1”. The EMBO Journal 18 (1): 167–78. (Jan 1999). doi:10.1093/emboj/18.1.167. PMC 1171112. PMID 9878060. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1171112/. 
• “Ordering the cytochrome c-initiated caspase cascade: hierarchical activation of caspases-2, -3, -6, -7, -8, and -10 in a caspase-9-dependent manner”. The Journal of Cell Biology 144 (2): 281–92. (Jan 1999). doi:10.1083/jcb.144.2.281. PMC 2132895. PMID 9922454. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2132895/. 
• “An APAF-1.cytochrome c multimeric complex is a functional apoptosome that activates procaspase-9”. The Journal of Biological Chemistry 274 (17): 11549–56. (Apr 1999). doi:10.1074/jbc.274.17.11549. PMID 10206961. 
• “Cytochrome c and dATP-mediated oligomerization of Apaf-1 is a prerequisite for procaspase-9 activation”. The Journal of Biological Chemistry 274 (25): 17941–5. (Jun 1999). doi:10.1074/jbc.274.25.17941. PMID 10364241. 
• “Structural basis of procaspase-9 recruitment by the apoptotic protease-activating factor 1”. Nature 399 (6736): 549–57. (Jun 1999). doi:10.1038/21124. PMID 10376594. 
• “A soluble version of the receptor-like protein tyrosine phosphatase kappa stimulates neurite outgrowth via a Grb2/MEK1-dependent signaling cascade”. Molecular and Cellular Neurosciences 13 (6): 441–9. (Jun 1999). doi:10.1006/mcne.1999.0758. PMID 10383829. 

外部リンク

• Human APAF1 genome location and APAF1 gene details page in the UCSC Genome Browser.
• Overview of all the structural information available in the PDB for UniProt: O14727 (Apoptotic protease-activating factor 1) at the PDBe-KB.