Најголема религија во Малта е Римокатоличката.
Црквата во Малта е опишана во книгата на Апостолските Дела (Дела 27:39-42; Дела 28:1-11) според која таа била основана од страна на Свети Апостол Павле и Свети Публиј, како нејзин прв епископ.[1] Се смета односно се верува дека на островот Свети Павле престојуал во 60 година, време кога од овде заминал за Рим. Денеска постојат неколку катакомба|катакомби кои го потврдуваат ранохристијанскиот карактер на Малта. Според традицијата, Публиј, римскиот управник на Малта во времето на Свети Павле, станал првиот епископ на Малта по неговото покрстување во христијанството.
Додека малтешки острови биле под власта на витешкиот ред Болничари, од 15 век до крајот на XVIII век, Големиот мајстор имал статус на управител на Католичката црква, и уживал посебна врска со папата. Со текот на годините, моќта на витешкиот ред била намалена како и нивната власт, која завршила по доаѓањето на Наполеон Бонапарт во 1798 година на островот, на патот кон неговиот поход кон Египет.
Во 1814 година, Малта станала дел од Британската Империја во согласност со Договорот од Париз. Британското владеење траело 150 години до 1964 година кога Малта се здобила со независност. Британска власт на островот ги донела првите протестантски односно англикански мисионери, но сепак британска власт имала верска толеранција кон римскиот католицизам, како доминантна форма на христијанството во текот малтешки историја.
Еврејското населеое во Малта било едно од најголемите верски заедници во средниот век во времето на Норманите. Во 1479 година, Малта и Сицилија паднале под Арагонска власт и според указот издаден од страна на шпанските власти во 1492 година сите Евреи биле принудени да ја напуштат земјата доколку не се преобратат во христијанство. Неколку малтешки Евреи биле христијанизирани, со цел да можат да останат во земјата.
Во земјата опстојуваат и други верски организации, како протестанти, Јеховини сведоци, баптисти, муслимани итн.