Han er utdannet ved universitetet i Neuchâtel og tok i 1989 doktorgrad ved Universiteit van Amsterdam. Kottelat er en ledende forsker innen ferskvannsfisker i Sørøst-Asia og Europa. Han har gjennomført mange ekspedisjoner, spesielt i Asia, og har beskrevet mer enn 440 nye arter av fisker. Kottelat er en uavhengig forsker som arbeider fra sitt hjem i Cornol i den sveitsiske kantonen Jura.[2]
I en oversikt som Kottelat publiserte i 1997 er det listet opp 358 ulike arter av ferskvannsfisk i Europa vest for den tidligere Sovjetunionen. Det er nesten en fordobling i forhold til eldre oversikter. Kottelat bruker et fylogenetisk artsbegrep og deler ørret (Salmo trutta) opp i 28 arter, røye (Salevelinus alpinus) i 23 arter, og han antar at det er minst 44 arter av sik og lagesild (Coregonus) i området.
En annen årsak til økningen er at antall arter i Sør-Europa var undervurdert. I Mellom-Europa finnes stort sett de samme fiskeartene over et enormt område fra England og Frankrike i vest til Volga og Ural i øst. I Sør-Europa er det derimot mange arter med en svært begrenset utbredelse.
Av nyere arbeider kan nevnes en taksonomisk gjennomgang av alle smerlinger i verden (2012) og en katalog over alle ferskvannsfisker i Sørøst-Asia (2013).
Kottelat fikk æresdoktorgrad ved universitetet i Neuchâtel i 2006. Han er redaktør for tidsskriftet Ichthyological Explorations of Freshwaters og har vært president for European Ichthyological Society 1997–2007 og fra 2012.
Kottelat, M. (1990). Indochinese Nemacheilines, a revision of nemacheiline loaches (Pisces: Cypriniformes) of Thailand, Burma, Laos, Cambodia and southern Viet Nam. Verlag Dr. Friedrich Pfeil. ISBN3-923871-47-3.
Kottelat, M. og Whitten, T. (1996). Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Periplus Editions. ISBN9789625931487.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)
Kottelat, M. (1997). «European freshwater fishes. An heuristic checklist of the freshwater fishes of Europe (exclusive of former USSR), with an introduction for non-systematists and comments on nomenclature and conservation». Biologia. 52, suppl. 5: 1–127. ISSN0006-3088.
Pethiyagoda, R., Kottelat, M., Spix, J. B., Spix, J. B., og Agassiz, L. (1998). Fishes of Brazil: an aid to the study of J. B. Spix and L. Agassiz (1829-31), Selecta genera et species piscium Brasiliensium, including an English translation of the text by V. L. Wirasinha and reproduction of all illustrations. Colombo: WHT Publications (Private) Ltd. ISBN9559114034.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)
Kottelat, M. (2001). Fishes of Laos. Eget forlag. ISBN9559114255.
Kottelat, M. og Freyhof, J. (2007). Handbook of European Freshwater Fishes. Cornol og Berlin: eget forlag. ISBN9782839902984.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)