Av Stasi var KgU en av de mest forhatte motstandsorganisasjonene. Den distribuerte millioner av flyveblader i DDR, delvis ved hjelp av ballonger, og gjennomførte sabotasjeaksjoner og brannstiftelser. Stasi forsøkte å bortføre Hildebrandt fra Vest-Berlin allerede i 1949, og to nye forsøk slo også feil.
Kort etter byggingen av Berlinmuren grunnla han Arbeitsgemeinschaft 13. August, og grunnla og ledet murmuseet i Haus am Checkpoint Charlie like til det siste. Han hjalp flere ganger flyktninger fra kommunistregimet, og dokumenterte ofrene for muren og flyktningenes historie i museet.
I 1992 mottok Hildebrandt Berlins fortjenstorden og i 1994 mottok han Tysklands fortjenstorden 1. klasse av president Roman Herzog.
Hildebrandt døde 89 år gammel i Berlin i 2004. Hans siste ønske var å bli begravet ved siden av vennen Albrecht Haushofer, noe som det imidlertid ikke ble gitt tillatelse til. Hans kone Alexandra Hildebrandt (f. 1959 i Kiev) er kunstner og nå leder for murmuseet.
2x2=8 Die Geschichte einer Gruppe junger Menschen in der Sowjetzone Deutschlands (bearbeitet Zeugenaussagen von Rainer Hildebrandt), utgitt av Bundesministerium für gesamtdeutsche Fragen Bonn/Berlin
Hildebrandt, Rainer: Von Gandhi bis Walesa – Gewaltfreier Kampf für Menschenrechte. Berlin 1987.
Hildebrandt, Rainer: Als die Fesseln fielen... Neun Schicksale in einem Aufstand, Berlin, arani Verlags-GmbH, 1956. Pb., 2. Aufl., S.216
Hildebrandt, Rainer: Der 17. Juni, Berlin Haus am Checkpoint Charlie 1983 Zehn Erlebnisgeschichten von Personen in verschiedenen Brennpunkten des Aufstandes, sowie ergänzende dokumentarische Materialien mit 77 Fotos, 224 S.
Hildebrandt,Alexandra(Hg.). Deutsche Nachkriegsgeschichte in ausgewählten Aufsätzen von Rainer Hildebrandt 1949-1993. Mit einem Vorwort von Hans-Dietrich Genscher. OBroschur, Berlin, Verlag Am Checkpoint Charlie 2001
Hildebrandt, Rainer: Der 17. Juni Zehn Erlebnisgeschichten von Personen in verschiedenen Brennpunkten des Aufstandes, sowie ergänzende dokumentarische Materialien mit 82 Fotos 3. Aufl. Berlin : Verl. Haus am Checkpoint Charlie, 1987. 224 S.
Hildebrandt, Rainer: Es geschah an der Mauer. Eine Bilddokumentation d. Sperrgürtels um Berlin (West), seine Entwicklung vom "13. August" 1961 bis heute mit d. wichtigsten Geschehnissen , Katalog zur Ausstellung d. Arbeitsgemeinschaft 13. August "Die Mauer - vom 13. August zur heutigen Grenze" im Haus am Checkpoint Charlie = It happened at the wall. 12., erg. u. verb. Aufl. Berlin, Verl. Haus am Checkpoint Charlie, 1981. 113 S. 168 dokumnent. Fotos. Fotoillustr. OBrosch. ISBN 3-922484-01-8
Hildebrandt, Rainer: Zukunftsorientierte Möglichkeiten der Steinkohle im Bereich der elektrischen Energieerzeugung. Dissertation, Aachen 1976. 85 S., Schaubilder, Kart.
Laufer, Peter with (Rainer Hildebrandt, Foreword). Iron Curtain Rising A Personal Journey through the Changing Landscape of Eastern Europe. San Francisco, CA: Mercury House, 1991. 1st Edition, 23 B/W Photos & 1 Map. Fine/Fine ISBN 1-56279-015-3
Haushofer, Albrecht. – Hildebrandt, Rainer: Wir sind die Letzten. Aus dem Leben des Widerstandskämpfers Albrecht Haushofer und seiner Freunde. Neuwied/Bln., Michael-Vlg. (1949). 207 S.mit Abb. OHLwd.
KONTROLLPUNKT KOHLHASENBRÜCK. Die Geschichte einer Grenzkompanie des Ringes um West-Berlin. Hrsg. v. Rainer HILDEBRANDT. 119 S. Ill. OKtn. Bonn, Hohwacht, (1963) Sonderausgabe für das BMI. - Authentischer Bericht von drei geflüchteten Mitgliedern einer Grenzkompanie, die vom 13. August 1961 bis zum 13. August 1962 dreizehn ihrer 96 Angehörigen durch Flucht nach West-Berlin verlustig ging. Auf den Innendeckeln Kartenskizze.
Rainer Hildebrandt: „...die besten Köpfe, die man henkt“. Ein tragischer Auftakt zur deutschen Teilung und zur Mauer. Hrsg.: Alexandra Hildebrandt ISBN 3-922484-48-4
Kai-Uwe Merz: "Kalter Krieg als antikommunistischer Widerstand. Die Kampfgruppe gegen Unmenschlichkeit 1948 – 1959". München (Oldenbourg Verlag; Studien zur Zeitgeschichte, Bd.34) 1987 (vergriffen).
Alexandra Hildebrandt: Ein Mensch – Rainer Hildebrandt. Begegnungen ISBN 3-922484-41-7
Unmenschlichkeit als System. Dokumentarbericht über die "Kampfgruppe gegen Unmenschlichkeit e.V." Berlin-Nikolassee, Ernst-Ring-Straße 2-4, 1957 Kongress-Verlag Berlin