Het kanaal is in de 17e eeuw aangelegd. Bij de aanleg is zo veel mogelijk gebruikgemaakt van bestaande waterlopen. Het oudste gedeelte, de verbinding van Bedum naar Groningen (op kaarten uit die tijd steevast aangeduid als de Cleisloot) stamt uit 1625. In 1660 werd het verlengd tot Kantens.
Voor de aanleg van het Van Starkenborghkanaal eindigde het diep nabij drekstoep aan de Turfsingel in de stad Groningen. Het eerste gedeelte daarvan is rond 1912 gedempt en het grootste gedeelte na de Tweede Wereldoorlog. Een gedeelte daarvan draagt nog de naam van het kanaal.
In het Boterdiep staat halverwege Fraamklap en Onderdendam het gemaal Den Deel. Dit gemaal is gebouwd om de gevolgen van de relatieve waterstijging als gevolg van de bodemdaling door de winning van aardgas te compenseren.
Het opsight over de Generale / Trekvaart of wateringen / beginnende van de Stad Groningen / langs Hogerbrugge, Zuijdwolde, / Noordwolde, Ellerhuijsen, Bedum, / tot an Onderdendam. Edogh / moet de gravinge en onderhoudinge / of opschoninge van voorn[oemde]: vaart / op volgende wijse geschieden. / Van Groningen tot Noorder / Hogerbrugge Twe parten door / de provincie, en een part door de / Stad Groningen. / Van Hogerbrugge tot Onderdendam / Twe parten door de Provincie / en een part door het Zijlvest van / Winsumer en Schaphalster Zijllen.
Ten oosten van Onderdendam heeft het diep in het register de namen:
het Deelster Maar (van Onderdendam naar Fraamklap, overigens werd het huidige Westerwijtwerdermaar in het register als deel van het Deelstermaar beschreven)