Kuipers was een zoon van een Friese timmerman-aannemer die zich aan het einde van de jaren 1870 in Amsterdam vestigde. Kuipers ontving zijn bouwkundige opleiding bij J.F. Klinkhamer en H.P. Berlage aan de Quellinusschool in die stad. Hij behaalde aldaar ook de zilveren medaille, de hoogste onderscheiding van de school. Zijn oudere broers Tjeerd Kuipers en Roelof Kuipers waren eveneens architect. Foeke's oeuvre bestaat grotendeels uit villa's die veelal uitgevoerd werden in cottagestijl.