Jonke volgde studies aan het conservatorium van zijn geboorteplaats. Na zijn militaire dienst, studeerde hij verder aan de filmafdeling van de academie van Wenen. Hij maakte deze studies echter niet af, evenmin als zijn studies geschiedenis, filosofie of Duits die hij volgde aan de universiteit van Wenen. Toch kreeg hij in 1971 een studiebeurs om te gaan studeren in West-Berlijn. Hij bleef er vijf jaar. Nadien woonde hij vijf jaar in Londen en reisde hij uitgebreid in het Midden-Oosten en Zuid-Amerika. Nadien vestigde hij zich opnieuw in Oostenrijk.
Hij kreeg talrijke prijzen en onderscheidingen voor zijn werk. Gert Jonke stierf begin januari 2009 op 62-jarige leeftijd aan kanker.
Damals vor Graz, Uraufführung Forum Stadtpark Graz 1989
Die Hinterhältigkeit der Windmaschinen
Sanftwut oder Der Ohrenmaschinist, Theatersonate, UA Styriate Graz 1990
Opus 111, UA Volkstheater Wenen 1993
Gegenwart der Erinnerung, UA Volkstheater Wenen 1995
Es singen die Steine, UA Stadttheater Klagenfurt 1998
Insektarium, UA Volkstheater Wenen 1999
Die Vögel, UA Volkstheater Wenen 2002.
Chorphantasie, UA Kulturhauptstadt Europas/Theater Graz, 2003
Redner rund um die Uhr, UA Semper-Depot Wenen, 2004
Seltsame Sache, UA Ruhrtriennale september 2005
Die versunkene Kathedrale, UA Burgtheater september 2005
Sanftwut oder Der Ohrenmaschinist, Eerste uitvoering in gebarentaal met de dove acteur Werner Mössler, Theater des Augenblicks Wenen maart 2006 (voorheen Frankfurt/M.: Verlag der Autoren)