In 1820 kwam Capronnier met zijn vader, de porseleinschilder en vergulder Jean-François Capronnier (1779-1853), in de Brabantstraat in Schaarbeek wonen. Zijn vader begon al met glasramen te maken en kreeg in 1834 de opdracht om de historische ramen van de Sint-Michielskathedraal te restaureren. Jean-Baptiste mocht aan dit aanzienlijke werk meewerken.
Vanaf 1839 leidde Jean-Baptiste het atelier. Hij kreeg snel vermaardheid en in 1856 bracht Leopold I bezoek aan zijn atelier. Hij kreeg nog meer bekendheid door zijn studie over de leer van het glas-in-lood maken In 1860 werd hij ridder in de Leopoldsorde en in 1862 verkreeg hij de Belgische nationaliteit.
Het stijgend succes maakte dat hij een ruim huis kocht, Rogierstraat 251 in Schaarbeek, waar hij een groot atelier bouwde.
Het atelier eindigde met zijn overlijden en de inboedel werd in 1892 openbaar verkocht. Er werden 3.280 loten kartons van glasraamtekeningen geveild, waarvan 1.328 van Belgische kerken en gebouwen. Hetzelfde jaar richtte zijn zoon Jules-Adrien Capronnier (1838-1914) een nieuw atelier op in dezelfde gebouwen.
In Schaarbeek werd later een straat naar Jean-Baptiste Capronnier genoemd.
Heilige Antonius Abt kerk (Eerde, gem. Veghel, Nederland) (1886)
Sint-Niklaaskerk (Ter Hulpen/La Hulpe)
Eglise "de fer d'Argenteuil" (Ohain), (1861) bestaan niet meer
Sint Ludgeruskerk, Zele
Capronnier leverde talrijke glasramen in Duitsland, Engeland, Frankrijk en Nederland. Hij leverde ook ramen voor de kerk van Sint-Juliaan-der-Vlamingen in Rome.
Talrijke glasramen, zowel in België als in het buitenland zijn het slachtoffer geworden van oorlogsgeweld of van wijzigingen in de smaak van de verantwoordelijken.