Jesper Bøje Christensen (Kopenhagen, 3 december 1944) is een Deens klavecimbelspeler en musicoloog.
Christensen doceert klavecimbel, continuo kamermuziek en authentieke uitvoeringspraktijk aan de Schola Cantorum Basiliensis en als gastprofessor aan de Muziekhogeschool van Lyon en het Centre de Musique Ancienne van Genève. Daarnaast geeft hij talrijke meestercursussen (Rome, Milaan, Cremona, Ravenna, Berlijn, Neurenberg, Salamanca, Innsbruck). Hij is vooral een specialist van de basso continuo.
Christensen was jurylid in 1992, 1995, 1998 en 2001 voor het internationale klavecimbelconcours in het kader van het Festival Oude Muziek in Brugge.
Christensen heeft talrijke opnamen gerealiseerd, waaronder: