Od roku 1511 współpracował z kartografem Marco Beneventano przy opracowywaniu przeróbki mapyEuropy Środkowej oraz nad krytycznym wydaniem GeografiiPtolemeusza Klaudiusza. W roku 1515 powrócił do kraju, zostając sekretarzem króla. W 1526 roku ukazały się dwie pierwsze wydane w Polsce mapy, będące właśnie jego dziełem. Przedstawiały one: Europę między Toruniem i Konstantynopolem oraz Europę pomiędzy ujściem Donu oraz Poznaniem. Jednocześnie mapy były pierwszymi kompletnymi mapami przedstawiającymi ziemie Rzeczypospolitej. Do dzisiaj zachowała się kopia części jednej z map, pozwalająca ustalić, iż polski kartograf prawdopodobnie jako pierwszy poprawił błąd Ptolemeusza związany z położeniem Morza Czarnego.
W 1526 r. wykonał także mapę Polski w skali 1:1 000 000 obejmująca jedynie jej obszar. Mapa ta jest najstarszym zabytkiem kartografii polskiej. Została ona wykonana w Krakowie sposobem drzeworytniczym przez tamtejszego sztycharzaUnglera. Nosiła tytuł Mapp/a in qua illustr/antur ditiones Regni/ Poloniae ac Magni D/ucatus Lithuaniae pars. Mapa Wapowskiego uściśliła obraz kartograficzny Rzeczypospolitej. Na niej bazowały późniejsze mapy regionu. Widać wyraźnie jej wpływy na mapach Wacława Grodzieckiego (1562[1]) oraz Gerarda Merkatora (1554, 1572)[2]. Wykonał także mapę krajów wschodniej Europy Tabula Sarmatiae... (w skali 1:2 900 000), obie wydane w 1526 r.
Bernard Wapowski był historiografem na dworze Zygmunta I Starego oraz autorem Kroniki obejmującej dzieje Polski od czasów legendarnych po 1535 rok (część do 1380 r. zaginęła, część 1381-1463 w tłumaczeniu wydano w latach 1847–1849, część 1480-1535 wydano w 1874 r.). Był też kontynuatorem KronikJana Długosza.
De bello a Sigismundo I, rege Poloniae, contra Moscos gesto a. 1508, wyd. J. Korzeniowski Scriptores Rerum Polonicarum, t. 15 (1891) i odb. (opis wojny roku 1508, powst. w 1509, uzupełniał się wzajemnie z odnośnym ustępem w Kronice później napisanym); rękopis w Bibliotece Watykańskiej
Panegyris seu carmen elegiacum in victoriam Sigismundi I regis de Moschis..., ogł. w zbiorze pt. Carmina de memorabili cede Scismaticorum, Rzym 1515 (tu wiersze różnych poetów sławiące zwycięstwo pod Orszą, wyd. przez Łaskiego, prawdopodobnie pod red. B. Wapowskiego); przedr. J. Szujski przy wyd.: Kronika..., 1874 (poemat łaciński o 228 wersach)
Mowa z roku 1518, wyd. R. Maurer Monumenta Poloniae Historica, t. 3 (1878), s. 92–93
Mowa z roku 1522, wyd. Scriptores Rerum Polonicarum, t. 2 (1874)
(Mapy:) Tabula Sarmatiae, Kraków 1526-1528, drukarnia F. Ungler; Mappa in qua illustrantur ditiones Regni Poloniae ac Magni Ducatus Lithuaniae, Kraków 1526-1528, drukarnia F. Ungler (mapa chorographia północnej Europy, nad która pracował w roku 1533, zaginęła); fragm. 2 map Sarmacji, wyd. Kraków 1535, i fragm. mapy Polski, odnalezione w roku 1932 przez K. Piekarskiego w oprawach ksiąg Archiwum Akt Dawnych w Warszawie, zniszczone w 1944; fragm. mapy Polski reprodukowali: S. Leszczycki, S. Pietkiewicz Atlas Polski. Dawne mapy Polski, zeszyt 1, Warszawa 1953; Odrodzenie w Polsce. Materiały Sesji Naukowej PAN 25–30 października 1953 r., t. 2: Historia nauki, cz. 2, Warszawa 1956, pomiędzy s. 352–353 verso; Odrodzenie w Polsce, tekst i wybór ilustracji: S. Lorentz, Warszawa 1954, s. 88; W. Kowalenko „Bałtyk i Pomorze w historii kartografii (VII-XVI w.)”, Studia Pomorskie, Poznań 1954, s. 382 (= Przegląd Zachodni)
Kronika obejmująca dzieje Polski od czasów przedchrześcijańskich do 1535 nie wyszła w całości drukiem; część do roku 1380 zaginęła; rękopisy obejmujące lata 1380–1535 znajdowały się w Bibliotece Baworowskich i Bibliotece Jagiellonskiej; fragm. za lata 1506–1535 wyd. T. Płaza pt. Cromeri descriptione posteriores continuans, przy: M. Kromer Polonia, Kolonia 1589; część za lata 1381–1463 wyd. w przekł. polskim M. Malinowski pt. Dzieje Korony Polskiej i W. Księstwa Litewskiego, t. 1-3, Wilno 1847-1849; właściwy tekst kroniki z lat 1480–1535 wyd. J. Szujski pt. „Chronicorum B. Vapovii pars posterior... Kroniki B. Wapowskiego z Radochoniec, kantora katedralnego krakowskiego, część ostatnia, czasy podługoszowskie obejmująca”, Scriptores Rerum Polonicarum, t. 2 (1874); część za lata 1463–1480 nie została do naszych czasów ogłoszona (gł. źródłem Kroniki... do roku 1480 był Długosz; dzieło to znali i wykorzystali – również cz. 1, niezachowaną – M. Kromer i M. Bielski; fragmenty tej części znajdują się w Kronice Marcina Bielskiego, fragm. obszerniejsze w przeróbce Joachima Bielskiego).
Do J. Dantyszka, dat. w Krakowie 22 sierpnia 1530, ogł. Acta Tomiciana, t. 12 (1906); autograf: Biblioteka Czartoryskich, rękopis nr 1596
Do J. Dantyszka, dat. w Krakowie 5 i 15 marca 1533, fragmenty ogł. M. Wiszniewski Historia literatury polskiej, t. 7, Kraków 1844, s. 567–568 przyp.; całość: W. Pociecha Acta Tomiciana, t. 15 (1957), nr 114, 146, s. 155–157, 195
Od Mikołaja Kopernika, dat. 1524, wyd.: M. Curtze Inedita Copernicana, Lipsk 1878; L. A. Birkenmajer Mikołaj Kopernik, cz. 1, Kraków 1900
2 listy do Zygmunta Herbersteina, rękopis w Nemzeti Muzeum w Budapeszcie, sygn. Fol. Lat. 258 (wiadomość podają: K. Lepszy, J. Tazbir „Poszukiwania naukowe na Węgrzech”, Kwartalnik Historyczny 1957, nr 2, s. 280).
Nazwiskiem Bernarda Wapowskiego nazwano kraterWapowski na Księżycu, a także jedną z ulic w Krakowie (dzielnica VIII Dębniki) oraz w Lublinie (dzielnica Wrotków). Ulica Bernarda Wapowskiego znajduje się również w Warszawskim Ursusie.