Syn Conrada Rüdina (1830–1895), nauczyciela w Sankt Gallen, i Dorothei z domu Schalch, Jego siostra, lekarka Pauline Rüdin (1866-1942), była zamężna za lekarzem i eugenikiem Alfredem Ploetzem.
Od 1917 roku kierował Instytutem Genealogiczno-Demograficznym Niemieckiego Towarzystwa Badawczego Psychiatrii w Monachium. Rüdin był zaangażowany w propagowanie idei eugeniki negatywnej w hitlerowskich Niemczech i w Akcję T4.
Pierwszy raz żonaty w 1920 z Idą Edithą (Ithą) Senger (1888–1926), po śmierci żony ożenił się z jej siostrą Theresią Idą (Resą) (1885–1970). Córka z pierwszego małżeństwa Edith Zerbin-Rüdin (ur. 1921) była psychiatrą.
Das Deutsche Führerlexikon. Berlin: Verlagsanstalt Otto Stollberg GmBH, 1934 s. 397
MM Weber. Ernst Rüdin, 1874–1952: a German psychiatrist and geneticist. „American Journal of Medical Genetics”. 67 (4), s. 323–331, 1996. PMID: 8837697.
ES Gershon. Ernst Rüdin, a Nazi psychiatrist and geneticist. „American Journal of Medical Genetics”. 74 (4), s. 457–458; author reply 461–463, 1997. PMID: 9259388.
E. Zerbin-Rüdin, KS Kendler. Ernst Rüdin (1874–1952) and his genealogic-demographic department in Munich (1917-1986): an introduction to their family studies of schizophrenia. „American Journal of Medical Genetics”. 67 (4), s. 332–337, 1996. PMID: 8837698.