Był współpracownikiem Komitetu Samoobrony Społecznej „KOR” i Studenckiego Komitetu Solidarności w Warszawie, w latach 1978–1980 prowadził bibliotekę wydawnictw podziemnych, był kilkukrotnie zatrzymywany za działalność niezależną[3]. W maju 1980 był jednym z założycieli Akademickiego Biura Interwencyjnego[9], we wrześniu 1980 należał do założycieli Niezależnego Zrzeszenia Studentów, został członkiem Ogólnopolskiego Komitetu Założycielskiego NZS i pełnomocnikiem ds. rejestracji, następnie wszedł w skład prezydium Krajowej Komisji Koordynacyjnej NZS[10]. Został internowany 13 grudnia 1981, przebywał w Białołęce i Strzebielinku, został zwolniony w listopadzie 1982; następnie angażował się w działalność podziemnego NZS, w latach 1983–1985 redagował pismo „Czas Przyszły”[3].
W marcu 1985 należał do organizatorów głodówki w obronie Marka Adamkiewicza, uwięzionego za odmowę złożenia przysięgi wojskowej[3]. W kwietniu 1985 został jednym z założycieli Ruchu Wolność i Pokój[11][12][13][14]. Za działalność w WiP został uwięziony w lutym 1986. W jego obronie występowali znani intelektualiści[15]. Zwolniono go we wrześniu 1986 na mocy amnestii[3]. Koordynował również kontakty zagraniczne WiP. Utrzymywał kontakty z opozycją w NRD, w Czechosłowacji i na Węgrzech[16][17]. Jeden z inicjatorów i sygnatariusz Memorandum helsińskiego[18][19]. W maju 1987 należał do organizatorów międzynarodowego seminarium Pokój międzynarodowy a porozumienia helsińskie odbywającego się w Warszawie w kościele przy ul. Żytniej[20][21][22], uczestniczył także w podobnym niezależnym seminarium w Budapeszcie w listopadzie 1987. W tym samym roku wznowił wydawanie pisma „Czas Przyszły”[3]. Od jesieni 1987 uczestniczył w spotkaniach środowisk niezależnych skupionych wokół Lecha Wałęsy, w grudniu 1988 został członkiem Komitetu Obywatelskiego przy przewodniczącym NSZZ „Solidarność”, uczestniczył w pracach komisji ds. reform politycznych i młodzieży oraz podkomisji spraw zagranicznych[3]. Głosił postulaty wycofania wojsk sowieckich i wprowadzenia demokracji w Polsce oraz zjednoczenia Europy Wschodniej i Zachodniej[23][24][25]. Latem 1989 krytykował Lecha Wałęsę za jego autorytarne podejście[26].
W latach 1989–1990 pracował w Ośrodku Studiów Międzynarodowych przy Senacie RP jako główny specjalista i sekretarz[3][28]. W 1990 rozpoczął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych, był wicedyrektorem, następnie dyrektorem Departamentu Konsularnego i Wychodźstwa (1990–1992). W latach 1993–1998 był starszym doradcą ministra w Departamencie Studiów i Planowania[28]. W 1998 został wicedyrektorem Departamentu Negocjacji Akcesyjnych Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej, ale jeszcze w tym samym roku objął funkcję zastępcy szefa służby cywilnej[28], pełnił tę funkcję do 2006[29]. Następnie do 2008 był dyrektorem Departamentu Strategii i Planowania Polityki Zagranicznej MSZ[7].
9 stycznia 2018 został powołany na stanowisko ministra spraw zagranicznych w rządzie Mateusza Morawieckiego[33]. Pozostał na tej funkcji również w utworzonym 15 listopada 2019 drugim gabinecie dotychczasowego premiera[34]. 20 sierpnia 2020 podał się do dymisji ze stanowiska ministra[35]. Zakończył urzędowanie 26 sierpnia tego samego roku[36].
Syn Teresy i Eugeniusza[5]. Jest wdowcem[37], jego żoną była Magdalena Sadowska-Czaputowicz (1956–2017). Ma pięć córek[38]: Katarzynę, Joannę, Martę, Magdalenę i Marię.
Teoria realizmu w nauce o stosunkach międzynarodowych. Założenia i zastosowania badawcze, 2014.
Studia europejskie. Wyzwania interdyscyplinarności (red.) 2014.
Nauka o stosunkach międzynarodowych i studia europejskie w Polsce (współautor), 2015.
Zastosowanie konstruktywizmu w studiach europejskich (red.), 2016.
Program i inicjatywy Ruchu „Wolność i Pokój” w zakresie polityki międzynarodowej, 2017.
International Relations in Poland. 25 Years After the Transition to Democracy (współautor), 2017.
The voting system in the Council of the EU and the Bundesrat – What do they tell us about European Federalism? (współautor), 2018.
The Importance of the Helsinki Process for the Opposition in Central and Eastern Europe and the Western Peace Movements in the 1980s (współautor), 2018.
↑ abcdefghiJanJ.SkórzyńskiJanJ., Jacek Czaputowicz, [w:] Opozycja w PRL. Słownik biograficzny 1956–89, JanJ.Skórzyński (red.), t. 1, Warszawa: Ośrodek Karta, 2000, s. 64–66.
↑Postanowienie Nr 115.11.2016 Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 20 października 2016 r. w sprawie nadania tytułu profesora (M.P. z 2017 r. poz. 40).
↑Jan JózefJ.J.LipskiJan JózefJ.J., KOR. Relacje i wspomnienia, Warszawa: Instytut Pamięci Narodowej – Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, 2006, s. 510.
↑KamilK.DworaczekKamilK., Niezależne Zrzeszenie Studentów 1980–1981, Wrocław: Instytut Pamięci Narodowej Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, 2016. Brak numerów stron w książce
↑Rozmowa z Jackiem Czaputowiczem, „Tygodnik Mazowsze”, 122, 1985. Brak numerów stron w czasopiśmie
↑AnnaA.Smokółka-GnaukAnnaA., Między wolnością a pokojem. Zarys historii Ruchu „Wolność i Pokój”, Warszawa: Instytut Pamięci Narodowej – Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, 2012. Brak numerów stron w książce
↑MonikaM.LitwińskaMonikaM., WiP kontra PRL. Ruch „Wolność i Pokój” 1985–1989, Kraków: Oddział Instytutu Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie, Wysoki Zamek, 2015. Brak numerów stron w książce
↑MonikaM.LitwińskaMonikaM., GrzegorzG.WaligóraGrzegorzG., Ruch „Wolność i Pokój” 1985–1989, [w:] NSZZ „Solidarność” 1980–1989, ŁukaszŁ.Kamiński, GrzegorzG.Waligóra (red.), t. 7, Warszawa: Instytut Pamięci Narodowej – Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, 2010. Brak numerów stron w książce
↑Jan JózefJ.J.LipskiJan JózefJ.J., To Lech Domeradzki, Minister of Justice, [w:] Pisma polityczne. Wybór, MichałM.Sutowski (oprac.), Warszawa: Wydawnictwo Krytyki Politycznej, 2011, s. 324–325.
↑PadraicP.KenneyPadraicP., Rewolucyjny karnawał. Europa Środkowa 1989, Wrocław: Kolegium Europy Wschodniej, 2005, s. 111–118.
↑Freedom and peace are indivisible, [w:] KacperK.SzuleckiKacperK., Entangled protest. Transnational approaches to the history of dissent in Eastern Europe and the Soviet Union, RobertR.Brier (red.), Osnabrück: Fibre Verlag, 2013, s. 208–216(ang.).
↑Giving Real Life to the Helsinki Accords: A Memorandum, Drawn Up in Common by Independent Groups and Individuals in Eastern and Western Europe, „European Network for East-West Dialogue”, kwiecień 1987(ang.). Brak numerów stron w czasopiśmie
↑KacperK.SzuleckiKacperK., Heretical geopolitics of Central Europe. Dissidents, intellectuals and an alternative European order, „Geoforum”, 65, 2015, s. 25–36(ang.).
↑JacksonJ.DiehlJacksonJ., Poles Host East-West Peace rally, „The Washington Post”, 11 maja 1987(ang.). Brak numerów stron w czasopiśmie
↑JanetJ.FleischmanJanetJ., Beyond the Blocs? Peace and Freedom Hosts International Seminar in Warsaw, „Across Frontiers”, 1987, s. 27(ang.).
↑PollyP.DuncanPollyP., An Intent of Democracy, an interview with Jacek Czaputowicz, „Sojournes”, październik 1987, s. 21(ang.).
↑Komitet Obywatelski przy przewodniczącym NSZZ Solidarność Lechu Wałęsie, Stenogramy z posiedzeń 1987–1989, Warszawa: Stowarzyszenie Archiwum Solidarności, 2006, s. 110-113.
↑The Wave of the Future? Interview with Jacek Czaputowicz, „Newsweek”, 33, 15 sierpnia 1988(ang.). Brak numerów stron w czasopiśmie
↑ColmanC.McCarthyColmanC., The Reforms of Jacek Czaputowicz, „The Washington Post”, 22 kwietnia 1989(ang.). Brak numerów stron w czasopiśmie
↑WilliamW.EchiksonWilliamW., From Firebrand to Statesman, „The Christian Science Monitor”, 27 lipca 1989 [dostęp 2020-02-01](ang.).