W 1970, razem z żoną, otworzył w Warszawie własną scenę, Teatr Ochoty – Ośrodek Kultury Teatralnej, a wkrótce potem ognisko teatralne dla dzieci i młodzieży. Machulski szefował Teatrowi Ochoty do 1996. Scena miała być miejscem edukacji młodych ludzi sztuki i miejscem spotkania twórców z publicznością. Od 1975 Teatr Ochoty występował latem w Zamościu grając sztuki szekspirowskie. Te występy stały się zalążkiem dorocznego Zamojskiego Lata Teatralnego.
Działalność pedagogiczna stała się wkrótce ważnym zajęciem Machulskiego. W 1974 rozpoczął pracę w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej, Telewizyjnej i Teatralnej w Łodzi. W latach 1981–1983 oraz 1991–1996 był dziekanem wydziału aktorskiego tej uczelni. W 1999, wraz z żoną, otworzył prywatną Szkołę Aktorską im. Haliny i Jana Machulskich, działającą przy ASSITEJ – Międzynarodowym Stowarzyszeniu Teatrów dla Dzieci i Młodzieży. Szkoła proponuje alternatywny program kształcenia aktorów zawodowych.
Był założycielem m.in.: „agencji” w Teatrze Lubelskim (1961), „Sceny studyjnej” w Łodzi (1964). Zagrał ok. 120 ról teatralnych oraz ok. 45 ról filmowych.
Imię Jana Machulskiego nosi Biblioteka Publiczna w Aleksandrowie Łódzkim[13] oraz jedna z ulic w tym mieście. W roku 2009 doroczne Nagrody Polskiego Kina Niezależnego otrzymały imię Jana Machulskiego – kilkuletniego członka OFFowej Akademii Filmowej i laureata pierwszej Nagrody za całokształt działań na rzecz polskiego kina.
Jan Machulski jest też patronem Szkoły Podstawowej nr 174 w Łodzi[14].
Rzeźba naturalnej wielkości przedstawiająca J. Machulskiego w roli H. Kwinty została odsłonięta przez żonę artysty Halinę Machulską podczas XIV Międzynarodowego Festiwalu Gwiazd w Alei Gwiazd w Międzyzdrojach. Autorem dzieła jest Michał Selerowski[15].
6 listopada 2020, zgodnie z uchwałą rady m.st. Warszawy, założony przez aktora Teatr Ochoty otrzymał imię Haliny i Jana Machulskich w związku z jubileuszem 50-lecia teatru[16].
W Łodzi na ulicy Piramowicza 6 powstał mural upamiętniający Jana Machulskiego jako bohatera filmu Vabank[17].
↑Nagrody Miasta Łodzi. Biuletyn Informacji Publicznej Urzędu Miasta Łodzi (bip.uml.lodz.pl). [dostęp 2022-09-15].
↑JakubJ.WiewiórskiJakubJ., MarcinM.KwintkiewiczMarcinM., Jan Machulski nie żyje [online], lodz.wyborcza.pl [dostęp 2016-09-19] [zarchiwizowane z adresu 2012-07-18].