WOT zostały utworzone 1 stycznia 2017 na podstawie ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej oraz niektórych innych ustaw[8], która została podpisana przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudę 20 grudnia 2016[9]. Od 23 kwietnia 2022 działalność WOT reguluje ustawa z dnia 11 marca 2022 r. o obronie Ojczyzny, która w momencie wejścia w życie zastąpiła ustawę z dnia 21 listopada 1967 r. o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej[10].
29 marca 2017 Dowództwo Wojsk Obrony Terytorialnej osiągnęło zdolność do działania oraz formalnie przejęło dowództwo nad trzema pierwszymi brygadami WOT zlokalizowanymi w Białymstoku, Lublinie oraz Rzeszowie[11]. 21 maja 2017 w Białymstoku, Lublinie oraz Rzeszowie odbyły się pierwsze w historii WOT przysięgi wojskowe[12].
Na stworzenie Wojsk Obrony Terytorialnej w 2017 przeznaczono 1 096 908 000 zł[13]. Plany formowania WOT z 2016 zakładały, że liczba żołnierzy obrony terytorialnej ma docelowo osiągnąć 53 tysiące. Względy finansowe spowodowały weryfikację tej liczby, jeszcze w październiku 2018 MON planował na 2019 liczebność WOT na poziomie 31,6 tys. żołnierzy, w tym 27 tys. żołnierzy niezawodowych[14]. Proces budowy formacji pozwolił określić możliwości szkoleniowe WOT na ok. 10 tys. nowych żołnierzy rocznie[15]. Na koniec 2017 liczba żołnierzy wynosiła ponad 7600[13]. W grudniu 2019 roku przekroczono stan 24 tys.[16] a na koniec 2021 32 tys.[17]
Na podstawie decyzji Ministra Obrony Narodowej Dowództwo Wojsk Obrony Terytorialnej przejęło i kultywuje dziedzictwo tradycji Komendy Głównej Armii Krajowej (1942–1945)[18]. Święto Wojsk Obrony Terytorialnej obchodzone jest 27 września[19]. 1 marca 2024 prezydent Andrzej Duda wręczył sztandar wojskowy Dowództwu Wojsk Obrony Terytorialnej[20].
Insygnia Dowództwa WOT
Odznaka pamiątkowa – awers (od 2020)
Odznaka pamiątkowa – rewers (od 2020)
Odznaka rozpoznawcza na mundur wyjściowy (2018–19)
Odznaka rozpoznawcza na mundur polowy (2018–19)
Odznaka rozpoznawcza na mundur wyjściowy (od 2019)
18 marca 2021 minister Mariusz Błaszczak podczas odprawy w Zegrzu podpisał decyzję, na mocy której do stanu istniejącego dodano trzy nowe brygady OT[36]:
24 września 2022 minister Mariusz Błaszczak podpisał w Kolnie decyzję o powołaniu w ramach wojsk obrony terytorialnej Komponentu Obrony Pogranicza. Na początek będzie to dziesięć batalionów żołnierzy w czterech województwach na granicy wschodniej: podlaskim, warmińsko-mazurskim, lubelskim i podkarpackim[37].
Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2016 r. poz. 2138).