Boncompagni editou o Bullettino di bibliografia e di storia delle scienze matematiche e fisiche (1868-1887), o primeiro periódico italiano inteiramente dedicado à história da matemática.[2] Ele editou todos os artigos publicados na revista.[3] Ele também preparou e publicou a primeira edição moderna do Liber Abaci de Leonardo Fibonacci.
Della vita e delle opere di Guido Bonatti, astrologo e astronomo del secolo decimoterzo. Roma, 1851
Delle versioni fatte da Platone Tiburtino, traduttore del secolo duodecimo. Atti dell'Accademia Pontificia dei Nuovi Lincei, 1850–51, IV, pp. 247-286
Della vita e delle opere di Gherardo Cremonese, traduttore del secolo decimosecondo, e di Gherardo da Sabbioneta, astronomo del secolo decimoterzo. Atti dell'Accademia Pontificia dei Nuovi Lincei, 1850–51, IV, pp. 387-493
Della vita e delle opere di Leonardo Pisano, matematico del secolo decimoterzo. Atti dell'Accademia Pontificia dei Nuovi lincei, 1851–52, V, pp. 208-245
Opuscoli di Leonardo Pisano, pubblicati da Baldassarre Boncompagni secondo la lezione di un codice della Biblioteca Ambrosiana di Milano, Firenze, 1856
Trattati d'aritmetica pubblicati da Baldassarre Boncompagni, I, Algoritmi de numero Indorum; II, Ioannis Hispalensis liber Algoritmi de practica arismetice. Roma, 1857
Scritti di Leonardo Pisano, matematico, pubblicati da Baldassarre Boncompagni. 2 vols., Roma, 1857–62
Bullettino di bibliografia e di storia delle scienze matematiche e fisiche. Tomos I-XX, Roma, 1868-1887