Nascido na cidade de Japeri, no estado do Rio de Janeiro,[7] a carreira de Wellington teve início nas categorias de base do Sendas (atualmente Audax) em 2007. Durante esse período, ficou conhecido por ser o irmão mais novo do volante Wallace Rato, e acabou herdando o apelido. Após uma breve passagem pelas categorias de base do Pão de Açúcar, foi promovido à equipe profissional do Audax Rio em 2012.[8] Ao longo de sua carreira, também teve passagens por clubes como Guaratinguetá, Dom Bosco, Red Bull Brasil e Caldense.[9]
No ano de 2018, Wellington Rato conquistou o primeiro título de sua carreira, a Copa do Nordeste, jogando pelo Sampaio Corrêa.[10] Em 2019, defendeu o Joinville, clube onde enfrentou desafios, incluindo atrasos nos salários e questões familiares. Essas circunstâncias o levaram a ponderar sobre a possibilidade de encerrar sua carreira no futebol.[11][12] No entanto, ao final desse mesmo ano, foi anunciado como reforço do Ferroviário, do Ceará.[13] O jogador obteve êxito em seu novo clube, resultando na prorrogação de seu contrato até o final da temporada.[14] No entanto, em setembro, o contrato foi rescindido devido à sua transferência para o Atlético Goianinense.[15][16] No clube de Goiás, fez sua estreia em 7 de outubro de 2020, apenas dois dias após sua contratação, em uma derrota por 3–0 para o São Paulo, válida pela Série A do Campeonato Brasileiro.[17] Em 16 de dezembro, contribuiu para a vitória contra o Fluminense ao marcar seu primeiro gol com a camisa do Atlético.[18] Esse gol também representou o primeiro do clube no estádio Antônio Accioly em uma partida da Série A.[19]
Wellington Rato continuou no clube goiano em 2021 e teve um início de ano promissor no campeonato estadual, contribuindo com quatro gols em cinco jogos. Contudo, devido ao seu desempenho, foi emprestado para o V-Varen Nagasaki, do Japão, em uma transferência avaliada em 1,5 milhão de reais.[20] No país asiático, o jogador participou de 23 jogos, marcando sete gols e dando quatro assistências.[a] Ao final da temporada, o clube japonês optou por não exercer a opção de compra, resultando no retorno do jogador ao Atlético Goianiense para o ano de 2022.[21] Destacou-se como um dos jogadores principais do Atlético, encerrando a temporada com 15 gols em 70 jogos,[22][23] o que despertou o interesse de clubes como Coritiba, Cruzeiro, Fortaleza, São Paulo e Vasco.[24]
Em 17 de dezembro de 2022, foi anunciada a contratação de Wellington Rato como novo reforço do São Paulo,[25] atendendo ao pedido do então técnico Rogério Ceni.[26] O atleta teve um início promissor[27][28] e se tornou um dos jogadores mais frequentemente escalados no clube paulista durante o ano de 2023.[29] Destacou-se como um dos principais jogadores na conquista da Copa do Brasil,[30] um feito histórico que marcou o primeiro título do São Paulo nesta competição. Wellington Rato participou de todos os jogos[31] e contribuiu marcando o gol decisivo na classificação contra o Ituano, na terceira fase, e também um dos gols no triunfo sobre o Corinthians, nas semifinais.[30]
Em 2024, Wellington Rato se tornou campeão da Supercopa do Rei, título conquistado após o São Paulo vencer o Palmeiras nos pênaltis, em uma partida realizada em 4 de fevereiro.[32] No dia 16 de outubro, Rato alcançou a marca de 100 jogos pelo clube, atingida na vitória de 3–0 sobre o Vasco da Gama, em partida válida pelo Campeonato Brasileiro.[33] O portal ge fez um levantamento sobre as cobranças de escanteios do São Paulo na temporada de 2024, mostrando que o jogador foi responsável por mais da metade das cobranças que resultaram em gols até o confronto contra o Vasco.[34]
Ao fim da temporada, Rato perdeu o status de titular. No total no ano de 2024, o jogador atuou em 41 jogos, sendo 21 como titular.[35]
↑Os números de jogos de Wellington Rato pelo V-Varen Nagasaki podem variar dependendo da fonte. Para fins de informação, foi utilizado o número reportado pelo Atlético Goianinense.[4]