Rasmussen și-a început cariera ca antrenor pentru juniori în 1990. A antrenat apoi timp de opt ani echipa daneză de club Lyngby HK. Ulterior a preluat echipa masculină suedezăStavsten IF, iar din sezonul 2010/11 a devenit antrenorul echipei feminine daneze Roskilde Håndbold. Începând din 22 septembrie 2015, Kim Rasmussen a antrenat echipa feminină românească CSM București,[2] înlocuind-o Mette Klit. În anul 2023 a antrenat Rapid București.[3]