Crnogorske zastave kroz povijest u biti su sadržavale crvenu boju, te Križ i dvoglavoga bijeloga orla.
Nije poznato kako je izgledala zastava o kojoj ima pomena u historijskim izvorima koju je papa Grgur VII. 1077. godine, skupa s drugi kraljevskim oznakama (insigijama), poslao dukljanskom knezu Mihailu davši mu dostojanstvo Kralj Slavena (latinski Rex Sclavorum).
Za starocrnogorske dinastije Balšića postojala je zastava koja je likovno obrađena u stilu srednjovjekovne spekulativne mistike. Na sredini polja nalazio se prikaz Uskrsnuća Kristova nad kojim lebdi golubica, simbol Duha Svetoga, a sasvim na vrhu je simbol Presvetoga Trojstva - trougao u kojem je ucrtano Božje oko.
U doba dinastije Crnojevića pojavljuje se dvoglavi crnogorski orao, kako na grbovima, tako i na zastavi.
Koncem 18. stoljeća, za doba Šćepana Malog crnogorska je zastava Krstaš-barjak, državna i glavna vojna zastava koju su Crnogorci nazivali Alaj-barjak.
No, izgled alaj-barjaka se za knjaza Danila I. Petrovića mijenja crnogorskim orlom i inicijalom vladarevim na sredini.
Crna Gora je, nakon što je u ratovima od 1876. do 1878. osigurala teritorijalni izlaz na Jadransko more, počela izgrađivati svoju trgovačku mornaricu. Iz toga su perioda više varijanti crnogorskih pomorskih zastava.
U Ustavu Knjaževine Crne Gore iz 1905. (čl.39.) definira se: "Narodne su boje: crvena, plavetna i bijela", no državna i glavna vojna zastava ostaje alaj-barjak.
Od 1946. do 1992. službena je zastava Crne Gore, kao socijalističke republike unutar druge Jugoslavije, bila trobojka crveno-otvorenoplava-bijela s petokrakom zvijezdom na sredini. Godine 1993. je novim zakonskim rejšenjima crnogorska zastava definirana kao trobojka istih boja bez petokrake zvijezde.
2004. su usvojeni novi crnogorski simboli, zastava i grb, koji su i danas u službenoj uporabi.