Paleopoliploidija je rezultat dupliranja genoma do koje je došlo pre najmanje nekoliko miliona godina. Takav događaj može bilo da duplira genom jedne vrste (autopoliploidija) ili da kombinuje dve vrste (alopoliploidija). Usled funkcione suvišnosti, geni brzo bivaju onesposobljeni ili izgubljeni iz dupliranog genoma. Većina paleopoliploida je tokom evoludije izgubila svoj poliploidni status putem procesa diploidizacije, i trenutno se smatra diploidima (e.g. pekarski kvasac,[1] Arabidopsis thaliana,[2] i potencijalno ljudi[3]).
Paleopoliploidija je ekstenzivno izučavana kod biljnih rodova. Utvrđeno je da su skoro sve cvetajuće bilje prošle kroz bar jedan krug dupliranja genoma tokom svoje evolucione istorije. Drevna dupliranja genoma su takođe nađena kod ranih predaka kičmenjaka (što obuhvata ljudske rodove) i još jedno u blizini nastanka košljoriba. Evidencija sugeriše da je pekarski kvasac (Saccharomyces cerevisiae), koji ima kompaktan genom, doživeo poliploidizaciju tokom svoje evolucione istorije.
Termin mesopoliploid se ponekad koristi za vrste koje su prošle kroz multiplikaciju celokupnog genoma (dupliranje celog genoma, tripliranje celog genoma, etc.) u skorijoj istoriji, kao što je zadnjih 17 miliona godina.[4]