Helen M. Berman

Helen Berman
Helen Berman in 2008.
DoğumHelen Miriam Berman
Eksik gerekli değişken 1=ay! 1943 (81 yaşında)
Chicago, Illinois
Eğitim
Çocuk(lar)Jason Asher Young
Ödüller
Kariyeri
Dalı
Çalıştığı kurumlarRutgers Üniversitesi
Doktora
danışmanı		George A. Jeffrey[kaynak belirtilmeli]
Diğer akademik danışmanlarBarbara Low, Jenny Glusker

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın (Dünya Çapındaki Protein Veri Bankası'nın üye kuruluşlarından birisinin) eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.[1][2][3]

Geçmişi ve eğitimi

[değiştir | kaynağı değiştir]

Berman, Chicago, Illinois'de doğdu ve Brooklyn, New York'ta büyüdü. Babası David Bernstein bir doktordu ve annesi Dorothy Bernstein (kızlık soyadı Skupsky) babasının muayenehanesini yönetiyordu. Çalışkan ve akademisyen babasından ilham alarak genç bir kızken bilime ilgi duydu ve bilim adamı veya doktor olmayı planladı. Topluma ve gönüllü çalışmalara güçlü bir şekilde dahil olan annesi, hayatı boyunca toplumsal faaliyetlere katılmasında onu etkiledi.

Lise yıllarında Berman, Ingrith Deyrup'un Barnard College'daki laboratuvarında çalıştı. Deyrup, Berman'ı Barnard'a lisans öğrencisi olarak gitmeye teşvik etti. Üniversitedeyken Columbia Üniversitesi Doktorlar ve Cerrahlar Koleji laboratuvarında Barbara Low ile çalıştı. Berman orada ömür boyu sürecek bir tutku haline gelecek olan kristalografiyi öğrendi. 1964 yılında Barnard'dan kimya alanında AB derecesiyle mezun oldu.

Berman, üniversiteden sonra yüksek lisans eğitimi için Pittsburgh Üniversitesi'ne gitti; burayı seçti çünkü burası ülkede kristalografi bölümü olan tek yerdi ve kristalografinin ders olarak sunulduğu birkaç yerden biriydi. Orada George A. Jeffrey ile karbonhidrat yapısı üzerine çalıştı ve doktora derecesini aldı. 1967'de. Berman, doktora sonrası araştırma görevlisi olarak iki yıl daha Pittsburgh Üniversitesi'nde kaldı.

Kariyeri

[değiştir | kaynağı değiştir]

1969'da Berman, Philadelphia'daki Fox Chase Kanser Merkezi'ne taşındı ve burada Jenny P. Glusker'in laboratuvarında çalıştı ve 1973'te öğretim üyesi olarak kendi bağımsız araştırma programını başlattı. Berman, Fox Chase'te nükleik asit yapılarıyla ve biyoinformatikle ilgilenmeye başladı. Verilerin mantıksal organizasyonunun onu çeşitli bilim adamlarına faydalı kılacağını biliyordu.

Haziran 1971'de Berman, Cold Spring Harbor Laboratuvarı'nda bir sempozyuma katıldı; burada birçok bilim adamı, artan sayıda protein yapısına ilişkin verilerin bir veri tabanında arşivlenmesi gerektiği konusunda hemfikirdi.[4] Bu toplantı Brookhaven Ulusal Laboratuvarı'nda Protein Veri Bankası'nın (PDB) kurulmasına yol açtı.[5][6]

Berman 1989'da Rutgers'a taşındı ve 1992'de diğer bilim adamlarıyla birlikte nükleik asit yapısı hakkında bilgi toplamak ve yaymak için Nükleik Asit Veritabanını (NDB) kurdu. Rutgers'da nükleik asitler ve bunların proteinlerle etkileşimleri üzerine çalışmaya devam etti [7] ve aynı zamanda Barbara Brodsky ve Jordi Bella ile işbirliği içinde kolajenin yapısını araştırdı.[8] 1992'den 2011'e kadar PDB'de protein/nükleik asit kompleksleri ve bunların bileşenlerinin (örn. 1RUN, 3SSX, 2B1B), kollajen fragmanlarının (örn. 1CGD, 1EI8) ve diğer makromoleküllerin depolayıcısı olarak listelenmiştir.

1998'de Berman ve Philip Bourne birlikte Protein Veri Bankası için yarıştı ve sözleşmeyi kazandılar ve veri tabanı Brookhaven'dan şu anda Rutgers ve Kaliforniya Üniversitesi arasında bir işbirliği olan Yapısal Biyoinformatik Araştırma İşbirliği'nin (RCSB) himayesine taşındı. San Diego'da. Berman, meslektaşlarıyla birlikte veri yönetimi sistemini yeniden tasarladı, yeni kullanıcı araçları ekledi ve veritabanını aranabilir hale getirdi.[9] 2003 yılından bu yana PDB arşivi, Berman tarafından kurulan ve PDB verileri için depolama, veri işleme ve dağıtım merkezleri olarak hareket eden kuruluşlardan (RCSB, Avrupa'daki PDBe, PDBe) oluşan dünya çapındaki Protein Veri Bankası (wwPDB) tarafından yönetilmektedir. ve Japonya'daki PDBj.[10] 2006 yılında Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) yapıları [11] için BioMagResData (BMRB) veri bankası, wwPDB'nin dördüncü üyesi oldu.[12] Temmuz 2018 itibarıyla, NDB 9600'den fazla nükleik asit yapısına sahiptir ve PDB 142.000'den fazla makromoleküler yapıya sahiptir.

Yine RCSB liderliğindeki Protein Yapısı Girişimi (PSI) Yapısal Genomik Bilgi Tabanı, PSI çalışmalarından elde edilen verileri ve diğer kaynakları araştırmak için sürekli güncellenen bir portal sağlamak üzere 2008 Baharında başlatıldı.[13]

Berman ayrıca bilim camiasında da aktif olarak yer almış, 1988 yılında Amerikan Kristalografi Derneği'nin başkanlığını yapmış, Ulusal Sağlık Enstitüleri ve Ulusal Bilim Vakfı'na danışmanlık yapmış ve çeşitli dergilerin yayın kurulunda görev yapmıştır. Çalışmaları hakemli bilimsel dergilerde geniş çapta yayımlandı.[7][8][14][15][16]

Berman, HIV tedavisi ve önlenmesinin hem tıbbi hem de sosyal yönlerine odaklanan Target Zero belgesel serisinin baş yapımcısı ve yaratıcısıydı.[17] Üç kısa film, gerçek hayattaki hasta öykülerini, önde gelen doktorlarla, tıbbi hizmet sağlayıcılarla ve bilim insanlarıyla yapılan röportajları bir araya getiriyor; ve son teknoloji ürünü moleküler animasyonlar. Bu açıklamalar, HIV salgınını kontrol etmenin karmaşık tarihini aydınlatıyor ve şefkatli, hasta merkezli bakıma olan süregelen ihtiyacı ve tedavilerin arkasındaki bilimin hücresel düzeyde gerçek bir anlayışını ortaya koyuyor.[18]

Üyelikler ve ödülleri

[değiştir | kaynağı değiştir]
  • New Jersey Başarı Kadını (1993)
  • Üye, Amerikan Bilimi İlerletme Derneği (1996)
  • Üstün Kadın Bilim Adamı Ödülü, Bilimde Kadınlar Derneği, New York Bölümü (1999)
  • Değerli Öğretim Görevlisi, Sigma Xi : Bilimsel Araştırma Topluluğu (2007–2009) [19]
  • Üstün Hizmet Ödülü, Biyofizik Derneği (2000) [1]
  • Üye, Biyofizik Derneği (2001) [20]
  • MJ Buerger Ödülü, Amerikan Kristalografi Derneği (2006)
  • Pittsburgh Üniversitesi Kimya Bölümü Mezunları Ödülü (2010)
  • Amerikan Kristalografi Derneği Üyesi (2011) [2]
  • Protein Topluluğu'ndan Carl Brändén Ödülü (2012)
  • Amerikan Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Derneği'nden Hesaplamalı Biyobilimler için DeLano Ödülü (2013) [21]
  • Benjamin Franklin Yaşam Bilimlerinde Açık Erişim Ödülü (2014)

Kişisel hayatı

[değiştir | kaynağı değiştir]

Berman, 1960'larda mühendis Victor Berman'la ve 1976'dan 1999'a kadar moleküler biyolog Peter Young'la olmak üzere iki kez evlendi. İkinci evliliğinden fizikçi Jason Asher Young (1979 doğumlu) adında bir oğlu vardır.

1980'lerde Berman'a meme kanseri teşhisi konuldu. Bu deneyim onun hayatına ve kariyerine daha fazla odaklanmasını ve aynı teşhisle karşı karşıya olan diğer kadınları desteklemekle ilgilenmesini sağladı.

Kaynakça

[değiştir | kaynağı değiştir]
  1. ^ a b Helen M. Berman, Google Akademik tarafından dizinlenen yayınlar
  2. ^ Demasters K: ON THE MAP; A Bank Where the Currency Is Molecules 8 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.. New York Times 2000-11-26. Accessed 2008-10-22.
  3. ^ Helen Berman's story from Rutgers University Office for the Promotion of Women in Science, Engineering, and Mathematics
  4. ^ Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, vol. XXXVI (1972)
  5. ^ "Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures". Journal of Molecular Biology. 112 (3): 535-542. 1977. doi:10.1016/S0022-2836(77)80200-3. PMID 875032. 
  6. ^ Berman H (2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective". Acta Crystallographica A. 64 (Pt 1): 88-95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675. 
  7. ^ a b Benoff, B.; Yang, H.; Lawson, C. L.; Parkinson, G.; Liu, J.; Blatter, E.; Ebright, Y. W.; Berman, H. M.; Ebright, R. H. (2002). "Structural basis of transcription activation: The CAP-αCTD-DNA complex". Science. 297 (5586): 1562-1566. doi:10.1126/science.1076376. PMID 12202833. 
  8. ^ a b Bella, J; Eaton, M; Brodsky, B; Berman, HM (1994). "Crystal and molecular structure of a collagen-like peptide at 1.9 Å resolution". Science. 266 (5182): 75-81. doi:10.1126/science.7695699. PMID 7695699. 
  9. ^ "The Protein Data Bank". Nucleic Acids Research. 28 (1): 235-242. 2000. doi:10.1093/nar/28.1.235. PMC 102472 $2. PMID 10592235. 
  10. ^ "Announcing the worldwide Protein Data Bank". Nature Structural Biology. 10 (12): 980. 2003. doi:10.1038/nsb1203-980. PMID 14634627. 
  11. ^ Doreleijers, J. F.; Mading, S; Maziuk, D; Sojourner, K; Yin, L; Zhu, J; Markley, J. L.; Ulrich, E. L. (2003). "BioMag Res Bank database with sets of experimental NMR constraints corresponding to the structures of over 1400 biomolecules deposited in the Protein Data Bank". Journal of Biomolecular NMR. 26 (2): 139-46. doi:10.1023/a:1023514106644. PMID 12766409. 
  12. ^ Berman HM; Henrick K; Nakamura H; John L. Markley JL (2007). "The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDB data". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D301-D303. doi:10.1093/nar/gkl971. PMC 1669775 $2. PMID 17142228. 
  13. ^ "The RCSB PDB information portal for structural genomics". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D302-D305. 2006. doi:10.1093/nar/gkj120. PMC 1347482 $2. PMID 16381872. 
  14. ^ Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S. H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. (1992). "The nucleic acid database. A comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids". Biophysical Journal. 63 (3): 751-759. doi:10.1016/S0006-3495(92)81649-1. PMC 1262208 $2. PMID 1384741. 
  15. ^ Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.; Weissig, H.; Shindyalov, I.; Bourne, P. (2000). "The Protein Data Bank". Nucleic Acids Research. 28 (1): 235-242. doi:10.1093/nar/28.1.235. PMC 102472 $2. PMID 10592235. 
  16. ^ Berman, H. M.; Kleywegt, G. J.; Nakamura, H; Markley, J. L. (2012). "The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the past to prepare for the future". Structure. 20 (3): 391-6. doi:10.1016/j.str.2012.01.010. PMC 3501388 $2. PMID 22404998. 
  17. ^ "Target Zero: Official Website". targetzerofilm.org. 26 Nisan 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Ocak 2021. 
  18. ^ Posatko, Mary (1 Mayıs 2017). "Target Zero". imdb.com. 20 Ekim 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Ocak 2021. 
  19. ^ "Sigma Xi Distinguished Lecturers". 25 Eylül 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 23 Eylül 2023. 
  20. ^ ""Two distinguished Rutgers chemists named Biophysical Society Fellows." Bio-Medicine". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ekim 2008. 
  21. ^ "Berman recognized for her efforts in removing barriers to data access". 22 Ocak 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ocak 2015. 

Dış bağlantılar

[değiştir | kaynağı değiştir]