Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.[1]
Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde).
Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.[2]
Başlıca MEGA versions[3]
Versiyon
|
Yayyınlanma tarihi
|
1.0
|
1993[1]
|
1.1
|
1994[4]
|
2.0
|
2000[5]
|
2.1
|
2001[5]
|
3.0
|
2004[6]
|
4.0
|
2006[7]
|
4.1
|
2008[7]
|
5.0
|
2011[8]
|
5.1
|
Ekim 2012[8]
|
5.2
|
Nisan 2013[8]
|
6.0
|
Aralık 2013[2]
|
7.0
|
Ocak 2016[9]
|
10.0 (X)
|
2018
|
- Hizalama editörü
- Çoklu dizi hizalaması
- Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
- Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları
- Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
- Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı
- Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
- Veri keşifçisi
- Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi
- Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
- Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
- Bildiğim bütün kod tablolarını içer
- Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
- Başlıkları dış bir programa kopyala
- Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
- Satır numarası
- Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri
- Veri çıkartma
- Vurgulama
- İstatiksel büyüklüklerin sunma
- 4x4 oran matriksi
- Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
- TGeçiş-transversiyon hız sapması: R
- İçerik uzaklığı
- Eşitsizlik indeksi
- Monte-carlo testi
- Nükleotid-Nükleotid
- Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
- Protein uzaklığı
- Uzaklık hesaplamaları
- Dizi çeşitliliği hesaplamaları
- Varyans hesaplamaları
- Çok numune Z-testi
- Fisher’ın kesin testi
- Tajima’ın nötrallik testi
- Tajima’nın yaklaşık oran testi
- Komşu birleştirme
- Minimum evrim metodu
- UPGMA
- Maksimum bencillik
- Maksimum benzerlik
- Çizme atkısı filogeni testi
- Güven olasılığı testi
- Uzaklık matriksi görüntüleyicisi
- Filogeni ekranı
- Ayrılma zamanının belirlenmesi
- Ağaç düzenleme
- Ağaç boyutunu değiştirme
- Çoklu ağaç görüntüleyebilme
- ^ a b Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA.
- ^ a b Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729.
- ^ "MEGA Update History". MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. 22 Haziran 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 20 Haziran 2013.
- ^ Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191.
- ^ a b Kaynak hatası: Geçersiz
<ref>
etiketi; MEGA2000
isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: Kaynak gösterme)
- ^ Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163.
- ^ a b Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599.
- ^ a b c Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739.
- ^ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874.