У 1940 році навчався у Вищій нормальній школі в Парижі, 1945 року став професором географії.
Протягом 1946—1948 рр. працював науковим співробітником у Національному центрі наукових досліджень та уповноваженим радником при національних музеях. У 1948—1952 рр. був членом Французького інституту східної археології в Каїрі (IFAO). У 1952 році Жану Леклану доручили створення Департаменту старожитностей Ефіопії. У 1953 році отримав диплом з відзнакою в Практичній школі вищих досліджень. Протягом 1953—1963 рр. читав лекції, згодом, в 1955 році став професором Страсбурського університету та отримав ступінь доктора мистецтв.
У 1963—1979 рр. — професор єгиптології в Сорбонні, у 1964—1990 рр. керував дослідженнями в Практичній школі вищих досліджень. У 1979—1990 рр. Жан Леклан був професором єгиптології в одному з найпрестижніших навчальних закладів Франції — Колеж де Франс, а від 1992 року — директором музею Вілла Керильос.
У 1993 році удостоєний премії Бальцана у номінації «Античне мистецтво та археологія».
Очолював Місію експертів-археологів у Ефіопії (1952—1956), Французьку археологічну місію в Саккарі (1963), і Французьку археологічну місію в Судані (Солеб, 1960—1978; Седенга з 1979 року). Також, Жан Леклан провів численні розкопки в Єгипті (Карнак), Саккарі і Танісі; в Судані (Солеб, Седенга), Ефіопії (Аксум).
В останні роки свого життя займав посаду віце-президента обсерваторії релігійної спадщини (ОРС) — багатоконфесійна організація, яка створена, щоб зберегти вплив французької релігійної спадщини. Був одним із ініціаторів петиції «Свобода історії».
Enquêtes sur les sacerdoces et les sanctuaires égyptiens à l'époque dite Éthiopienne, [10], [11], BdE, IFAO, Le Caire, 1954.
Avec Paul Barguet et Clément Robichon, Karnak-nord [12], 2 vol., FIFAO, Le Caire, 1954.
Fouilles et travaux en Égypte, 1955—1957, [13], fasc. 1, Orientalia, Pontificium institutum biblicum, Roma, 1958.
Fouilles et travaux en Égypte et au Soudan, 1960—1961, [14], fasc. 3, Orientalia, Pontificium institutum biblicum, Roma, 1962.
Fouilles et travaux en Égypte et au Soudan, 1961—1962, [15], fasc. 2, Orientalia, Pontificium institutum biblicum, Roma, 1963.
Recherches sur les monuments Thébains de la [16] dite éthiopienne, 2 vol., BdE, IFAO, Le Caire, 1965.
Avec Michela Schiff Giorgini et Clément Robichon, Soleb [17], 1813—1963, Sansoni, Florence, 1965.
Avec Michela Schiff Giorgini et Clément Robichon, Soleb [18], les nécropoles, Sansoni, Florence, 1971.
Avec Jean-Philippe Lauer, Mission archéologique de Saqqarah, [19], le temple haut du complexe funéraire du roi Téti, BdE, IFAO, Le Caire, 1972.
Avec Gisèle Clerc, Inventaire bibliographique des Isiaca, E.J. Brill, Leiden, 1972—1974.
Les textes de la pyramide de Pépi [20], reconstitution de la paroi est de l'antichambre, CRAIBL, Paris, 1977.
Avec Audran Labrousse et Jean-Philippe Lauer, Mission archéologique de Saqqarah. [21], Le temple haut du complexe funéraire du roi Ounas, [22], BdE, IFAO, Le Caire, 1977.
Recherches à la pyramide de Pépi [23] (Saqqarah 1972—1976), BSFE, Paris, 10/1976-03/1977.
Avec Cyril Aldred, Jean-Louis Hellouin de Cenival, Fernand Debono, Christiane Desroches Noblecourt, Jean-Philippe Lauer et Jean Vercoutter, Le temps des pyramides, L'univers des formes, Gallimard, Paris, 1978.
Avec Cyril Aldred, Paul Barguet, Christiane Desroches Noblecourt et H.W. Müller, L'empire des conquérants, L'univers des formes, Gallimard, Paris, 1979.
Fouilles et travaux en Égypte et au Soudan, 1978—1979, [24], [25], Orientalia, 1980.
Avec Cyril Aldred, François Daumas et Christiane Desroches Noblecourt, L'Égypte du crépuscule, L'univers des formes, Gallimard, Paris, 1980.
T.P. Pépi [26], [27], à propos des textes des pyramides, MGEM, IFAO, Le Caire, 1985.
De l'égyptophilie à l'égyptologie, Académie des inscriptions et belles lettres, Paris, 1985.
Avec H.G. Fischer, L'écriture et l'art de l'Égypte ancienne, Quatre leçons sur la paléographie et l'épigraphie pharaoniques, PUF, Paris, 1986.
Avec A. Zivie, Memphis et ses nécropoles au Nouvel Empire, Nouvelles données, nouvelles questions, CNRS, Paris, 1988.
Aux sources de l'égyptologie européenne: Champollion, Young, Rosellini, Lepsius, Académie des inscriptions et belles-lettres, Paris, 1991.
Archaeological Activities in Egypt, Vol. 1, [28], Atti del [29] Congresso Internazionale di Egittologia, Turin, 1992.
Noubounet, une nouvelle reine d'Égypte, [30], Gegengabe Brunner-Traut, Attempto Verlag, Tübingen, 1992.
À propos des Aegyptiaca du haut Moyen Âge en France, [31], The Heritage of Egypt. Studies Iversen, Museum Tusculanum Press, Copenhagen, 1992.
Diana Nemorensis, Isis et Bubastis, [32], Studies in Pharaonic Religion and Society in honour of J. Gwyn Griffiths, The Egypt Exploration Society, London, 1992.
Avec Gisèle Clerc, Fouilles et travaux en Égypte et au Soudan, 1993—1994, [33], fasc. 3, [34], Orientalia, Rome, 1995.
Avant-propos, [35], L'Égyptomanie à l’épreuve de l'archéologie, Musée du Louvre, Paris, 1996.
Avec Gisèle Clerc, Fouilles et travaux en Égypte et au Soudan, 1994—1995, [36], fasc. 3, [37], Orientalia, Roma, 1996.
Avec Jean-Philippe Lauer et Audran Labrousse, L'architecture des pyramides à textes, [38], Saqqara Nord, 2 vol., [39], BdE, IFAO, Le Caire, 1996.
Avec M. Rassart-Debergh, Textiles d'Antinoé, Donation E. Guimet, Muséum d'histoire naturelle, Colmar, 1997.
Avec C. Langlois, A. Decaux, J. Tulard, F. Gros et G. Le Rider, L'expédition d'Égypte, postérités et prospectives, Palais de l'Institut, Paris, 1998.
Avec Dominique Valbelle, Le décret de Memphis, bicentenaire de la découverte de la Pierre de Rosette, De Boccard, Paris, 1999.
Avec G. Mokhtar, L'empire de Koush: Napata et Méroé, In Histoire Générale de l'Afrique. Volume [40]: L'Afrique Ancienne, Présence Africaine/Edicef/Unesco, Paris, Nouvelle édition, 2000.
Répertoire d'épigraphie méroïtique: corpus des inscriptions publiées, 3 vol., Académie des Inscriptions et Belles Lettres, Paris, 2000.
Au fil du Nil, le parcours d'un égyptologue, Académie des inscriptions et belles lettres, Paris, 2001.
Avec Catherine Berger-el Naggar, Bernard Mathieu et I. Pierre-Croisiau, Les textes de la pyramide de Pépy [41], 1, édition, description et analyse, 2, facsimilés, MIFAO, Le Caire, 2001.