Брав участь у кількох процесах щодо єврейських погромів, став широко відомим після участі в «справі Бейліса» як слідчий та адвокат. У 1911–1913 роках керував таємним «Комітетом захисту Бейліса».
У 1905–1917 роках — Генеральний секретар Південноросійського відділення Союзу за рівні права євреїв у Росії. Засновник і голова Єврейської територіальної організації (1906–1913). До 1917 року був членом ЦК Партії народних соціалістів.
«Серед військ армії Петлюри, на противагу денікінській армії, все ж спостерігалися випадки, коли окремим особам або частинам удавалося відвернути або зупинити погроми. Так, 13 березня 1919 року підоспілі солдати Української армії зуміли припинити єврейський погром у Коростені, вчинений Червоною армією. А в Лубнах погрому вдалося уникнути лише завдяки тому, що в рядах Української армії знайшлося 100 осіб, котрі із зброєю в руках вийшли проти погромників. Місто було врятоване, але 14 зі 100 загинули, обороняючи лубенських євреїв».
Починаючи від 1922 року Арнольд Марголін — на еміграції в США. Працював юристом, перекладачем, читав лекції в університетах. Виступив на захист Симона Петлюри, показавши безпідставність звинувачень останнього в антисемітизмі, сприяв українсько-єврейському порозумінню.
Працював на посаді професора в Українському технічному інституті в Нью-Йорку (США), його президент (1954–1955). 1950 року його було обрано почесним доктором права Українського вільного університету (Мюнхен, ФРН). Марголін підтримував зв'язки з ліберально-демократичними та помірковано-соціалістичними діячами української діаспори, співпрацював з тижневиком «Народна воля».
Арнольд Марголін писав російською, англійською та французькою мовами, серед його праць:
Изъ области уголовнаго права. — Кіевъ : Работникъ, 1907. — 127 с. (рос. дореф.)
Роль и значеніе Ломброзо въ эволюціи понятій о преступленіи и наказаніи. — Кіевъ : Тип. С. Г. Слюсаревскаго, 1910. — 20 с. (рос. дореф.)
Въ полосѣ ликвидаціи : Очерки : Рѣчи : Кассаціонныя жалобы . — СПб. : Тип. С. Г. Слюсаревскаго, 1911. — 204 с. (рос. дореф.)
Украина и политика Антанты : (Записки еврея и гражданина). — Берлин : С. Ефрон, 1922. — 397 с. (рос.)
Vengeance ou raison? — Petrograd, 1902. (фр.)
Apercu critique des traits fondamentaux du nouveau code penal russe. — Paris, 1905. (фр.)
The Trial of A. D. Margolin Petrograd, 1916. (англ.)
The Jews of Eastern Europe. — New York City, 1926. (англ.)
The New Palestine, 1926. (англ.)
From a Political Diary : Russia, the Ukraine, and America, 1905-1945. — New York : Columbia University Press; London : Geoffrey Cumberlege, Oxford University Press, 1946. — VIII + 280 pp. (англ.)
2003 — «Арнольд Марголін — видатний українець і єврей» (НКХФ ім. О. Довженка на замовлення Посольства США в Україні. Автор сценарію і режисер — О. Муратов.)[3]
Ліхтен Й. Арнольд Марґолін: Його життя і праця // Сучасність. – Мюнхен, 1977. – Ч. 5. – С. 68–73.
Маврін О. Спогади Арнольда Марголіна про роботу Української делегації на Паризькій мирній конференції 1919 р. (Деякі неформальні результати формальної поразки української дипломатії) // Україна дипломатична, вип. 4. — К., 2004.