Вихованець Віденського й Московського університетів, з 1828 — урядовець канцелярії Новоросійського генерал-губернаторства в Одесі, згодом довголітній секретар і редактор видань Одеського статистичного комітету (офіційна назва — головний статистичний комітет Новоросійського краю; Скальковський очолював його понад п'ятдесят років), один із засновників Одеського Товариства історії і старожитностей, активний діяч Товариства сільського господарства Південної Росії; 19 грудня 1856 був обраний членом-кореспондентом Петербурзької академії наук (історико-філологічне відділення, по розряду історико-політичних наук). Також заснував у Одесі архів міністерства внутрішніх справ і очолював його.
Батько театрального критика Костянтина Скальковського та оперової співачки Ганни Бертенсон-Скальковської.
Автор численних праць з історії й економіки Південної України XVIII—XIX століть (переважно на основі архівних матеріалів); головні з них: «Хронологическое обозрение истории Новороссийского края», тт. І—II (1835—1838) й «Опыт статистического описания Новороссийского края», тт. І—II (1850—53; т. III залишився в рукопису; за цю працю отримав Демидовську премію). Скальковський знайшов і зберіг архів Коша Запорозького XVIII століття (нині в Києві), на підставі якого написав низку праць, зокрема «История Новой Сѣчи или последняго Коша Запорожского», тт. І—III (1840; друге видання — 1846, третє — 1885—86; сучасне перевидання — 1994), «Наезды гайдамак на Западную Украйну в XVIII ст. 1733—1768 гг.» (1845); документальні статті з історії Запорожжя та Правобережної України XVIII ст., серед них: «Филипп Орлик и Запорожцы» («Київська старовина», 1882), «Несколько документов из истории гайдамачества» («Київська старовина», 1885) та ін.
Також був автором публіцистичних статей, історичних романів («Кагальничанка», «Хрустальная балка», «Братья Искупители», «Мамай») тощо. У Санкт-Петербурзі й Одесі зберігся цінний архів Скальковського, зокрема його досі не опублікований щоденник, розпочатий ще за студентських років, писаний спершу польською, а пізніше російською мовою.
Історичні праці Скальковського, незважаючи на романтичний підхід, певну ідеалізацію Запорожжя й шляхетське наставлення до історії гайдамаччини, завдяки документальній базі, зберігають свою вагу для історичної науки, особливо через те, що деякі цінні документи з історії Південної України та Запорозької Січі, які він використовував, зараз втрачені. Зневажливе ставлення Скальковського до гайдамаків було затавроване Тарасом Шевченком у поезії «Холодний Яр»[2].
Адмирал Де Рибас и завоевание Хаджибея. 1764—1797. Одесса, 1889.
Биографический очерк Одесского театра. Одесса, 1858.
Биография Одесской железной дороги. Одесса: тип. П. Францова, 1865.
Болгарские колонии в Бессарабии и Новороссийской крае: Статистический очерк А. Скальковского… Одесса: тип. Т. Неймана и К°, 1848.
Братья искупители: Повесть 1768 года. Одесса: тип. Л. Нитче, 1849.
Взгляд на скотоводство Новороссийского края. 1846—1848 / [Соч.] А. А. Скальковского. [Санкт-Петербург, 1850].
Дон и Волга: Новые пути сообщения между юго-западом и востоком России. [Одесса], ценз. 1858.
Записки о торговых и промышленных силах Одессы, составленные в 1859 году А. Скальковским. Санкт-Петербург: тип. В. Безобразова и К°, 1865.
Измаильское градоначальство в 1847 году. [Санкт-Петербург, 1849].
Историческое введение в статистическое описание Бессарабской. [Санкт-Петербург, 1846].
Историческо-статистический опыт о торговых и промышленных силах Одессы. Одесса: Гор. тип., 1839.
История Новой Сечи, или последнего Коша Запорожского: Составленная из подлинных документов Запорожского сечевого архива А. Скальковским… («Исторія Новой Сѣчи или послѣдняго Коша Запорожскаго»), тт. І—III (1840; друге видання — 1846. — Ч. I; — Ч. II; — Ч. III, третє — 1885—86, — Ч. II; — Ч. III; сучасне перевидання — 1994)
Каменноугольная промышленность в Новороссийском крае. [Санкт-Петербург, 1847].
Каменоломни, добыча асфальта, нефти и другие меньшие отрасли общественного хозяйства в Новороссийском крае. [Санкт-Петербург, 1854].
Леса Херсонской губернии. Одесса: тип. П. Францова, 1866.
Мамай: Повесть 1758—1760 годов. Одесса: тип. Л. Нитче, 1850.
Материалы для истории общественного образования в Одессе. Одесса: тип. П. Францова, 1867.
Наезды гайдамак на Западную Украину в XVIII столетии. 1733—1768. Одесса: Гор. тип., 1845.
Начало развития заводской промышленности в Одессе. Одесса: тип. П. Францова, 1870.
О производительных силах и хлебной торговле Новороссийского края в 1867 году. [Санкт-Петербург]: тип. М-ва вн. дел, [1868].
О хлебопашестве в Новороссийском крае. [Санкт-Петербург, 1851].
Одесское заведение искусственных минеральных вод : 1829—1866 г. : [Описание]. Одесса: тип. П. Францова, 1870—1879.
Опыт статистического описания Новороссийского края. Ч. 1-2. Одесса: тип. Л. Нитче, 1850—1853.
Опыт хозяйственной статистики Новороссийского края. Одесса: тип. Францова и Нитче, 1853.
↑«„Гайдамаки не воины,— / Розбойники, воры. / Пятно в нашей истории…“ / Брешеш, людоморе! / За святую правду-волю / Розбойник не стане» — ці Шевченкові рядки стосуються книжки Скальковського «Наезды гайдамак на Западную Украйну…».
С. Я. Боровой. Скальковский, Аполлон Александрович // Советская историческая энциклопедия. Москва: Советская энциклопедия, 1969, т. 12, стлб. 944.
С. Я. Боровой. А. А. Скальковский и его работы по истории Южной Украины // Записки Одесского археологического общества, 1960, т. 1.
С. Я. Боровий. Про економічні погляди А. О. Скальковського // З історії економічної думки на Україні. Київ, 1961.
Кравченко В. В. Нариси з української історіографії епохи національного Відродження(друга половина XVIII-перша половина ХІХ ст.).-Х.:Основа, 1996.
Котова Н. О. Аполлон Скальковський і його «Опыт статистического описания Новороссийского края» // Записки історичного факультету Одеського державного університету ім. І. І. Мечникова. — Одеса, 1999. — Вип. 8. — С. 126—132.
Новікова Л. В. Три видання «Истории Новой Сечи» А. О. Скальковського: до питання про зміни в структурі твору // Записки історичного факультету Одеського державного університету ім. І. І. Мечникова. — Одеса, 1999. — Вип. 8. — С. 178—185.
Бондар Г. С. Публікація джерел з історії України в газеті «Одесский вестник»: А. О. Скальковский // Записки історичного факультету Одеського державного університету ім. І. І. Мечникова. — Одеса, 1999. — Вип. 8. — С. 222—227.
Новікова Л. В. Проблема володіння Північним Причорномор'ям в оцінці А. О. Скальковського // Записки історичного факультету Одеського національного університету ім. І. І. Мечникова. — Одеса, 2001. — Вип. 11. — С. 116—123.
Новікова Л. В. «Історіограф» Південної України Аполлон Скальковський: інтелектуальна апологія імперської політики та регіональної історичної самобутності.-Одеса: Одеський національний університет, 2012.