Huy chương Clarke (tiếng Anh: Clarke Medal) là một giải thưởng của Hội Hoàng gia New South Wales (Royal Society of New South Wales) (Úc) dành cho những công trình nghiên cứu xuất sắc trong Khoa học tự nhiên.
Huy chương này được thiết lập năm 1878 và được đặt theo tên nhà địa chất học William Branwhite Clarke, một trong những người sáng lập "Hội Hoàng gia New South Wales" để "tưởng thưởng những đóng góp xuất sắc của các nhà khoa học cư ngụ ở Australasia hoặc bất cứ nơi nào vào các ngành Địa chất học, Khoáng vật học và Vạn vật học (Natural History) của Australasia". Thông thường thì mỗi năm luân phiên thay đổi một trong 3 ngành Địa chất học, Thực vật học và Động vật học.