Tập chuyển hóa

Tập chuyển hóa^[1] là tập hợp hoàn chỉnh của các chất chuyển hóa tiểu phân tử (như các chất trung gian chuyển hóa, các hormone và các phân tử tín hiệu khác, và các chất chuyển hóa thứ phát) được tìm thấy trong một mẫu vật sinh học, ví dụ như một cơ quan riêng biệt. Giống như tập phiên mã và tập protein, tập chuyển hóa luôn luôn biến động, thay đổi theo từng giây. Mặc dù tập chuyển hóa có thể được xác định một cách nhanh chóng, hiện nay chưa có một phương pháp phân tích đơn thuần nào có thể phân tích được toàn bộ các chất chuyển hóa có mặt (xem trao đổi chất học). Tháng 1 năm 2007, các nhà khoa học tại Đại học Alberta và Đại học Calgary đã hoàn thành một bản phác thảo tập chuyển hóa ở người. Họ đã mô tả và phân loại 2.500 chất chuyển hóa, 1.200 chất thuốc và 3.500 thành phần thức ăn có thể được tìm thấy trong cơ thể người.

Xem thêm

• Tập chuyển hóa khối u
• Phương pháp phổ khối lượng | Điện di protein trên thạch | Giải trình tự protein.
• Tin sinh học

Liên kết ngoài

• Proteome.org
• Tạp chí Trao đổi chất học
• Tạp chí Tin sinh học Lưu trữ 2008-11-22 tại Wayback Machine
• Dự án Tập chuyển hóa ở Người
• Cơ sở dữ liệu Tập chuyển hóa ở Người
• Tập chuyển hóa ở Người
• Dự án Tập chuyển hóa trong huyết thanh Người (HUSERMET) Lưu trữ 2014-05-17 tại Wayback Machine
• PDF Tiêu chuẩn Báo cáo Nghiên cứu Trao đổi chất học
• Các nhà khoa học hoàn chỉnh tập chuyển hóa ở người Lưu trữ 2007-09-30 tại Wayback Machine

Tham khảo

1. ^ First use of the term "metabolome" in the literature — Oliver SG, Winson MK, Kell DB, Baganz F (1998). “Systematic functional analysis of the yeast genome”. Trends Biotechnol. 16 (9): 373–8. doi:10.1016/S0167-7799(98)01214-1. PMID 9744112.
2. First book on metabolomics — Harrigan, G. G. & Goodacre, R. (eds) (2003). Metabolic Profiling: Its Role in Biomarker Discovery and Gene Function Analysis. Kluwer Academic Publishers (Boston). ISBN 1-4020-7370-4.
3. Fiehn O, Kloska S, Altmann T (2001). “Integrated studies on plant biology using multiparallel techniques”. Curr. Opin. Biotechnol. 12 (1): 82–6. doi:10.1016/S0958-1669(00)00165-8. PMID 11167078.
4. Fiehn O (2001). “Combining Genomics, Metabolome Analysis, and Biochemical Modelling to Understand Metabolic Networks”. Comp. Funct. Genomics. 2 (3): 155–68. doi:10.1002/cfg.82. PMC 2447208. PMID 18628911.

• Weckwerth W (2003). “Metabolomics in systems biology”. Annu Rev Plant Biol. 54: 669–89. doi:10.1146/annurev.arplant.54.031902.135014. PMID 14503007.
• Goodacre R, Vaidyanathan S, Dunn WB, Harrigan GG, Kell DB (2004). “Metabolomics by numbers: acquiring and understanding global metabolite data”. Trends Biotechnol. 22 (5): 245–52. doi:10.1016/j.tibtech.2004.03.007. PMID 15109811.
• Wishart DS, Tzur D, Knox C, Eisner R, Guo AC, Young N, Cheng D, Jewell K, Arndt D, Sawhney S, Fung C, Nikolai L, Lewis M, Coutouly M-A, Forsythe I, Tang P, Shrivastava S, Jeroncic K, Stothard P, Amegbey G, Block D, Hau DD, Wagner J, Miniaci J, Clements M, Gebremedhin M, Guo N, Zhang Y, Duggan GE, MacInnis GD, Weljie AM, Dowlatabadi R, Bamforth F, Clive D, Greiner R, Li L, Marrie T, Sykes BD, Vogel HJ, Querengesser L (2007). “HMDB: the Human Metabolome Database”. Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D521–6. doi:10.1093/nar/gkl923. PMC 1899095. PMID 17202168.
• Wishart DS, Knox C, Guo AC, Eisner R, Young N, Gautam B, Hau DD, Psychogios N, Dong E, Bouatra S, Mandal R, Sinelnikov I, Xia J, Jia L, Cruz JA, Lim E, Sobsey CA, Shrivastava S, Huang P, Liu P, Fang L, Peng J, Fradette R, Cheng D, Tzur D, Clements M, Lewis A, De Souza A, Zuniga A, Dawe M, Xiong Y, Clive D, Greiner R, Nazyrova A, Shaykhutdinov R, Li L, Vogel HJ, Forsythe I (2009). “HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D603–10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024. Chú thích có tham số trống không rõ: |unused data= (trợ giúp)
• Nicholson JK, Holmes E, Lindon JC, Wilson ID (2004). “The challenges of modeling mammalian biocomplexity”. Nat. Biotechnol. 22 (10): 1268–74. doi:10.1038/nbt1015. PMID 15470467.. Stresses the role of intestinal microorganisms in contributing to the human metabolome.
• van der Greef J, Stroobant P, van der Heijden R (2004). “The role of analytical sciences in medical systems biology”. Curr Opin Chem Biol. 8 (5): 559–65. doi:10.1016/j.cbpa.2004.08.013. PMID 15450501.
  • The importance of analytical sciences to omics and systems biology.
• Kell DB (2004). “Metabolomics and systems biology: making sense of the soup”. Curr. Opin. Microbiol. 7 (3): 296–307. doi:10.1016/j.mib.2004.04.012. PMID 15196499.
• Dunn W.B., Ellis D.I. (2005). “Metabolomics: current analytical platforms and methodologies”. Trends in Analytical Chemistry. 24 (4): 285–294. doi:10.1016/j.trac.2004.11.021.
• Ellis DI, Goodacre R (2006). “Metabolic fingerprinting in disease diagnosis: biomedical applications of infrared and Raman spectroscopy”. Analyst. 131 (8): 875–85. doi:10.1039/b602376m. PMID 17028718.
  • Metabolomic data as an input to systems biology models.