Općenito, biosinteza svih mitomicina odvija se kombinacijom 3-amino-5-hidroksibenzojeve kiseline (AHBA), D-glukozamina i karbamoil-fosfata , da se formira jezgro mitozana, nakon čega slijede specifični koraci sklapanja.[3] Ključni intermedijer, AHBA, uobičajen je prekursor drugim lijekovima protiv raka, kao što su rifamicin i ansamicin.
Konkretno, biosinteza počinje dodatkom fosfoenolpiruvata (PEP) u eritroza-4-fosfat (E4P) s još neotkrivenim enzimom, koji se zatim amonira da bi se dobio 4-amino-3-deoksi-D-arabino-heptulozonska kiselina-7-fosfat (aminoDHAP). Zatim, DHQ sintaza katalizira zatvaranje prstena, da bi se dobio 4-amino3-dehidrokinat (aminoDHQ), koji se zatim podvrgava dvostrukoj oksidaciji preko aminoDHQ dehidrataze da bi nastao 4-amino-dehidroshikimat (aminoDHS). Ključni intermedijer, 3-amino-5-hidroksibenzojeva kiselina (AHBA), nastaje aromatizacijom pomoću AHBA sintaze.
Mitozansko jezgro se sintetiše kao što je prikazano u nastavku kondenzacijom AHBA i D-glukozamin, iako nije okarakterisan nijedan specifičan enzim koji posreduje u ovoj transformaciji. Kada dođe do ove kondenzacije, mitozansko jezgro se prilagođava različitim enzimima. I redoslijed i identitet ovih koraka tek treba da se utvrdi.
Potpuna redukcija C-6 – Vjerovatno preko F420 zavisne tetrahidrometanopterin (H4MPT) reduktaze i H4MPT:CoM metiltransferaze
Hidroksilacija C-5, C-7 (poslije toga transaminacija) i C-9a. – Vjerovatno putem citokrom P450 monooksigenaze ili benzoat hidroksilaze
O-metilacija na C-9a – Vjerovatno preko metiltransferaze zavisne od SAM
Oksidacija na C-5 i C8 – nepoznato
Intramolekularna aminacija u aziridin – nepoznato
Karbamoilacija na C-10 – karbamoil transferaza, pri čemu je karbamoil-fosfat (C4P) izveden iz L-citrulina ili L-arginina
^Danshiitsoodol N, de Pinho CA, Matoba Y, Kumagai T, Sugiyama M (2006). "The mitomycin C (MMC)-binding protein from MMC-producing microorganisms protects from the lethal effect of bleomycin: crystallographic analysis to elucidate the binding mode of the antibiotic to the protein". J Mol Biol. 360 (2): 398–408. doi:10.1016/j.jmb.2006.05.017. PMID16756991.
^Rustagi, T; Aslanian, H. R; Laine, L (2015). "Treatment of Refractory Gastrointestinal Strictures with Mitomycin C: A Systematic Review". Journal of Clinical Gastroenterology. 49 (10): 837–47. doi:10.1097/MCG.0000000000000295. PMID25626632. S2CID5867992.