El 1917 va ser mobilitzat per l'exèrcit alemany durant la Primera Guerra Mundial i va haver d'interrompre els seus estudis. Va ser declarat inútil per al servei, amb molta alegria per la seva part, ja que era antimilitarista.[4] El 1919 va reprendre els seus estudis a la universitat de Göttingen, sota la direcció d'Edmund Landau, qui va ser el seu tutor de tesi doctoral el 1920. Els cursos següent, es va quedar a Göttingen com docent i assistent de recerca; molts dels seus resultats més importants van ser publicats durant aquest període. El 1922, va ser nomenat professor de la Universitat de Frankfurt.[5]
El 1938, va tornar a Göttingen abans d'emigrar el 1940 a través de Noruega als Estats Units, on es va incorporar a l'Institut d'Estudis Avançats de Princeton, on ja havia passat un any sabàtic el 1935. La decisió d'emigrar va ser fruit del seu antimilitarisme que el feia sentir molt malament a l'Alemanya Nazi.[6] Va tornar a Göttingen només després de la Segona Guerra Mundial, quan va acceptar un lloc com a professor el 1951, que va mantenir fins a la seva jubilació el 1959,[7] tot i que va seguir com professor emèrit fins al 1967.
O'Connor, John J.; Robertson, Edmund F. «Carl Ludwig Siegel» (en anglès). MacTutor History of Mathematics archive. School of Mathematics and Statistics, University of St Andrews, Scotland.