Mit Karl Jonas Mylius hatte er in Frankfurt am Main 1870 bis 1881 eine erfolgreiche Bürogemeinschaft, die unter anderem 1876 den Architekturwettbewerb um den Neubau des Hamburger Rathauses gewann. Der geplante Bau wurde allerdings nicht realisiert. 1876 erbauten Bluntschli und Mylius in Frankfurt das Hotel Frankfurter Hof. Ausserdem wurde ihre Planung für den Wiener Zentralfriedhof verwirklicht, an dessen Westrand die Mylius-Bluntschli-Straße bis heute an beide erinnert.
Bluntschli war Erbauer von zahlreichen Prachtbauten und Schlössern. Von 1881 bis 1914 war er als Nachfolger Sempers Professor an der Bauschule des Polytechnikum (heute: ETH) in Zürich. In Zürich ist unter vielen anderen Bauten die reformierte Kirche Enge.
Bluntschlis Grab und das seiner Frau Maria[2] befindet sich auf dem Friedhof Sihlfeld.
Lehr- und Wanderjahre des Architekten Alfred Friedrich Bluntschli, 1842-1930 : nach hinterlassenen Aufzeichnungen und Briefen, herausgegeben von Hans Bluntschli (sein Sohn) (= Neujahrsblatt auf das Jahr zum Besten des Waisenhauses in Zürich, 109. Stück = Nr. 168). Beer, Zürich 1946, OCLC610621042 (67 Seiten).
Bernd Altmann: Mein Motto fürs Leben bleibt Renaissance: der Architekt Alfred Friedrich Bluntschli (1842–1930), Trier 2004, DNB971945209 (Dissertation Universität Trier 2000. Volltext, fünf PDF-Dateien: Teil 1, Leben und Werk, 2,5 MB; Teil 2, Katalog, 2,8 MB; Teil 3, Abbildungen, 20 MB, Teil 4 und 5, Abstract und Zusammenfassung).
Geraldine Ramphal: Alfred Friedrich Bluntschli und der Villenbau im späten 19. Jahrhundert : Umgang mit historischen Bauformen und Dekorationen, Zürich 2006, OCLC637424553 (Lizenziatsarbeit (Diplomarbeit) Universität Zürich 2006, 104 Seiten, Referent: Stanislaus von Moos).