Fernando Ortiz, oder einfach Don Fernando, wurde in Havanna geboren und verbrachte seine Kindheit in Menorca in Spanien. 1895 kehrte er nach Havanna zurück, wo er ein Jurastudium begann. Er beendete das Studium in Barcelona in Spanien und erwarb in Madrid den Doktorgrad.
Ortiz trat in den Diplomatischen Dienst ein und war Konsul in A Coruña, Genf und Marseille. 1906 wurde er Anwalt beim kubanischen Rechnungshof, 1908 Professor der Rechte in Havanna, wo er Öffentliches Recht, Politische Ökonomie und Verfassungsrecht lehrte. 1914 war er Mitbegründer der kubanischen Volksuniversität. Von 1917 an war er zehn Jahre lang Abgeordneter im kubanischen Parlament für die Liberale Partei. 1931 musste Fernando Ortiz Exil in den USA suchen, weil er sich in einem Manifest gegen den kubanischen DiktatorGerardo Machado gewandt hatte. 1933, nach dem Sturz Machados, kehrte er wieder nach Kuba zurück. 1949 war er Gründungspräsident der kubanischen Friedensbewegung.
Ortiz führte in den 1940er Jahren den Begriff der Transkulturalität in die Diskussion ein.
Grabstätte
Wegen seiner bahnbrechenden Forschungen zur afrokubanischen Mythologie und zu den afrokubanischen Ritualen wird Fernando Ortiz auch „Dritter Entdecker Kubas“ (nach Christoph Kolumbus und Alexander von Humboldt) genannt. Er ist auf dem Cementerio Cristóbal Colón in Havanna bestattet.
Einer seiner Schüler war der kubanische Anthropologe und Schriftsteller Miguel Barnet, der heute die Stiftung Fernando Ortiz leitet.