Genzmer war während seiner Studienzeit und auch später immer wieder mit Oskar Sala, dem Protagonisten des Trautoniums, verbunden. Seine zahlreichen Werke für dieses Instrument und das Klavier müssen als Kriegsverlust gelten. Er begleitete Sala oft auf seinen Konzertreisen.[1]
Am 26. April 1940 wurde in Berlin seine Musik für Luftwaffenorchester, ein Auftragswerk des Reichsluftfahrtministeriums, uraufgeführt. Am 28. Oktober 1940 fand die Uraufführung seines Konzerts für Trautonium statt. 1942 erhielt er einen Staatszuschuss von 2000 Mark vom Propagandaministerium. Seine Konzertsuite wurde am 6. März 1943 vom Stabsmusikkorps des SS-Führungshauptamts aufgeführt. In der Endphase des Zweiten Weltkriegs nahm ihn Adolf Hitler im August 1944 in die Gottbegnadeten-Liste der wichtigsten Komponisten auf, was ihn vor einem Kriegseinsatz bewahrte.[2]
1946 wurde Genzmer als Stellvertretender Direktor und Professor für Komposition an die neu gegründete Hochschule für Musik Freiburg berufen. Von 1957 bis 1974 lehrte er Komposition an der Hochschule für Musik in München. Die Dirigentin Hortense von Gelmini führte 1971 seine Sonatina für Streicher auf.[3] Seine 3. Sinfonie für großes Orchester entstand 1983/86 als Auftragskomposition für die Münchner Philharmoniker und wurde im gleichen Jahr unter der Leitung von Sergiu Celibidache uraufgeführt. Bis 2007 komponierte Genzmer, u. a. seine Keltischen Impressionen in vier Sätzen – für Flöte und Keltische Harfe.
Genzmer schrieb Orchester-, Kammermusik und Chorwerke,[4] auch schuf er zahlreiche Werke für Klavier und Orgel. Die Bühnenmusik beschränkt sich auf das Ballett Der Zauberspiegel (1965). Musikalisches Denken und musikalische Praxis sind bei Harald Genzmer untrennbar miteinander verwoben – Komposition, Lehre und Aufführungspraxis bilden eine Einheit. Der Komponist zeigt mit ausgefallenen Besetzungen Experimentierfreudigkeit, etwa mit Werken für Saxofon, Glasharfe oder Trautonium.
Im Jahr 1992 gründete Harald Genzmer eine Stiftung „mit dem Zweck der Förderung der Neuen Musik“. Dies geschieht durch die Verleihung von Preisen sowie der Förderung von Komponisten, Interpreten und Musikwissenschaftlern durch Zuwendungen für musikalische Produktionen und Publikationen. Diese Stiftung, die Harald-Genzmer-Stiftung, führte er, so lange er lebte, als Alleinvorstand.[5] Im Auswahl-Werkeverzeichnis der Stiftung sind seine Arbeiten für das NS-Militär wie z. B. die Fliegermusik in drei Sätzen für Militärkapellen im Auftrag des Reichsluftfahrtministeriums, erschienen beim damaligen Verlag Kistner&Siegel, nicht enthalten.