Botelho war früh aktiv in Filmklubs in Porto und Coimbra, wo er Ingenieurwissenschaften studierte. 1974 brach er seine Studien ab und schrieb sich an der Filmschule des Nationalkonservatoriums in Lissabon ein. Er war als Filmkritiker und Grafiker tätig, bis er 1976 erstmals Regie führte.
Endgültig etablierte sich Botelho bei der Kritik 1985 mit Um Adeus Português („Ein portugiesischer Abschied“). Es ist der erste Spielfilm, der sich mit dem Tabuthema des portugiesischen Kolonialkriegs (1961–1974) befasst. Im Portugal nach der Nelkenrevolution hatten die Militärs nichts gegen den Film, doch es fiel ihnen auch nach elf Jahren noch schwer, über diese Vergangenheit zu sprechen.[2] So zeigt der Film die Szenen in Schwarzweiß, die im afrikanischen Busch der frühen 1970er Jahre spielen, analog zu den alten Kriegsaufnahmen im Fernsehen der Zeit, während die Szenen im Lissabon von 1985 farbig sind. Statt aufwändiger Kriegsszenen bestimmen verhaltene Darstellungen der Hauptdarsteller (unter ihnen die Muse des Novo Cinema, Maria Cabral) den kritischen, vor allem aber von stiller Trauer gekennzeichneten Film. Er spiegelt die im Portugal 1985 herrschende Stimmung ein Jahrzehnt nach dem verklungenen Lärm des Kolonialkrieges und dem Schlagabtausch der Ideologien nach der Revolution wider. Der Film hatte Premiere beim London Film Festival, gewann einen Tucano de Ouro beim Filmfestival von Rio de Janeiro, den OCIC-Award bei den Filmfestspielen von Berlin und erste Preise bei Festivals in Cartagena, Salsomaggiore, Belford und Pesaro. Der Film fand Verleihe u. a. in Großbritannien und Frankreich und wird bis heute auf Festivals gezeigt, etwa beim 12. Jeonju Film Festival 2011 in Südkorea.[3]
João Botelho drehte in den folgenden Jahren zahlreiche, sehr unterschiedliche Filme. So erhielt seine überdrehte, beißende Satire Tráfico („Traffic“) von 1997 ebenso die Aufmerksamkeit der Kritik,[4][5] wie seine intensive, sinnliche Dokumentation 2005 über das Naturschutzgebiet der Ria Formosa an der Algarve.[6] Er arbeitet gelegentlich auch für Fernsehen und Theater.
Beim Abschluss seines Films Corrupção gab es 2007 starke Differenzen zwischen Botelho und dem Produzenten.[7] Botelhos Schnitt ist 17 Minuten länger als die Endfassung des Produzenten, und auch in der Vertonung erreichten sie keine Einigung. So kam der Film ohne den Namen Botelhos in die Kinos und wurde doch seine bis dahin publikumswirksamste Produktion.[8]
Mit deutlichem Abstand folgte 2010 sein bis dahin zweiterfolgreichster Film an der Kinokasse,[9]Filme do Desassossego („Film der Unruhe“), seine Verfilmung von Fernando Pessoas Buch der Unruhe. Diesen Erfolg wiederum verdankte seine Pessoa-Verfilmung nicht zuletzt dem persönlichen Einsatz Botelhos: unzufrieden damit, dass sein vorheriger Film A Corte do Norte (die Verfilmung des gleichnamigen historischen Romans von Agustina Bessa-Luís) nicht bis in die Kinos des Landesinneren kam, machte er sich selbst mit der einzigen Verleihkopie[10] auf den Weg und zeigte sie in Kinos der großen und entlegeneren Städte gleichermaßen, und sprach anschließend mit dem Publikum.[11] Seine so organisierten Vorführungen waren sehr gut besucht, so etwa die komplett ausverkaufte Woche im Centro Cultural de Belém.[12]
2014 gelang Botelho ein erstaunlicher Publikumserfolg mit Os Maias: Cenas da Vida Romântica. Die eigenwillige, dabei vergleichsweise zugängliche Verfilmung des Hauptwerkes des portugiesischen Schriftstellers Eça de Queiroz (1845–1900) lockte über 122.000 Zuschauer in die portugiesischen Kinos, und Botelhos deutlich längerer Director’s Cut lief Ende 2015 als vierteilige Mini-Serie bei RTP1 im portugiesischen Fernsehen.
1980 „Glauber Rocha“-Preis des Filmfestivals von Figueira da Foz für Conversa acabada, Preis „Bester Film“ in Antwerpen, Auszeichnung durch die Cahiers du cinéma
1985 „Tucano de Ouro“ als bester Regisseur, Rio de Janeiro International Film Festival für Ein portugiesischer Abschied (Um Adeus Português), Preise bei den Festivals von Belford, Cartagena, Salsomaggiore und Pesaro
1986 „OCIC Promotional Award, Forum of New Cinema“ für „Ein portugiesischer Abschied“ bei den Filmfestspielen in Berlin