Von 1969 bis 1976 war Folkerts Wissenschaftlicher Assistent bzw. Assistenzprofessor am neu gegründeten und mit Christoph J. Scriba besetzten Lehrstuhl für Geschichte der exakten Wissenschaften und der Technik an der TU Berlin, wo er sich 1973/74 habilitierte. Von 1976 bis 1980 war er C3-Professor für Mathematik mit dem Schwerpunkt Berufspraxis und Geschichte der Mathematik an der Universität Oldenburg. Von 1980 bis zum Eintritt in den Ruhestand (2008) war er C4-Professor für Geschichte der Naturwissenschaften an der Ludwig-Maximilians-Universität München und Leiter des gleichnamigen Instituts.
Folkerts arbeitete auch über Gerbert von AurillacsRechenbrett, bei dem auf den Steinen indisch-arabische Ziffern stehen, und über die Rithmomachie. Weitere Veröffentlichungen beschäftigen sich mit Johannes Regiomontanus und mit der Entwicklung der Algebra im 15. und 16. Jahrhundert. Folkerts hat ein bis dahin unbekanntes Verfahren von Jost Bürgi entdeckt, um allein durch Verdoppeln und AddierenSinuswerte zu berechnen. Außerdem hat er sich mit den Texten aus dem 15. bis 17. Jahrhundert über die Volumenbestimmung von Fässern beschäftigt (Visierkunst). Folkerts hat Leben und Werk der Astronomen David und Johann Fabricius untersucht.
Auch zur Heinrich-Heine-Forschung trug Folkerts bei. Er fand heraus, dass Heines letzte, von diesem „Mouche“ genannte Freundin Elise Krinitz keineswegs, wie bis dahin angenommen, aus herrschaftlichen Verhältnissen stammte, sondern als Adoptivkind in Fooke Hoissen Müllers weiterer Verwandtschaft aufwuchs.
„Boethius“ Geometrie II, ein mathematisches Lehrbuch des Mittelalters (= Boethius. Band 9). Franz Steiner Verlag, Wiesbaden 1970, OCLC169428.
Die älteste mathematische Aufgabensammlung in lateinischer Sprache: Die Alkuin zugeschriebenen Propositiones ad acuendos iuvenes. Überlieferung, Inhalt, Kritische Edition (= Denkschriften der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Klasse. Band116, 6. Abhandlung). Böhlau Verlag, Wien 1878, ISBN 978-3-662-24254-4, S.13–180, doi:10.1007/978-3-662-26367-9.
Die älteste lateinische Schrift über das indische Rechnen nach al-Hwārizmī. Edition, Übersetzung und Kommentar. (= Bayerische Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-historische Klasse. Abhandlungen. Neue Folge. Heft 113). München 1997, ISBN 3-7696-0108-4.
Nicolai de Cusa Scripta Mathematica. Edidit Menso Folkerts (= Nicolai de Cusa Opera omnia. Volumen XX). Felix Meiner Verlag, Hamburg 2010, ISBN 978-3-7873-1737-0.
Aufsätze zum Mittelalter und zur Frühen Neuzeit
Frühe Darstellungen des Gerbertschen Abakus. In: Raffaella Franci, Paolo Pagli, Laura Toti Rigatelli (Hrsg.): Itinera mathematica. Studi in onore di Gino Arrighi per il suo 90° compleanno. Centro studi sulla matematica medioevale, Universität Siena, Siena 1996, OCLC1109259302, S.23–43.
“Rithmomachia”, a Mathematical Game from the Middle Ages. In: Essays on Early Medieval Mathematics. The Latin Tradition. (= Variorum Collected Studies. Band751). Ashgate Publishing, Aldershot 2003, ISBN 978-0-86078-895-9, Nr. XI (englisch).
Die mathematischen Studien Regiomontans in seiner Wiener Zeit. In: Günther Hamann (Hrsg.): Regiomontanus-Studien (= Sitzungsberichte – Österreichische Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-historische Klasse. Band364). Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Wien 1980, ISBN 978-3-7001-0339-4, S.175–209.
Die Mathematik im sächsisch-thüringischen Raum im 15. und 16. Jahrhundert. In: Rainer Gebhardt (Hrsg.): Kaufmanns-Rechenbücher und mathematische Schriften der frühen Neuzeit. (= Schriften des Adam-Ries-Bundes e. V. Band 22). Adam-Ries-Bund, Annaberg-Buchholz 2011, ISBN 978-3-930430-94-9, S. 1–22.
Jost Bürgis „Kunstweg“ zur Berechnung der Sinuswerte. In: Gudrun Wolfschmidt: Festschrift – Proceedings of the Scriba Memorial Meeting – History of Mathematics. (= Nuncius Hamburgensis Band 36). tredition, Hamburg 2017, ISBN 978-3-7345-5289-2, S. 195–213.
Die Faßmessung (Visierkunst) im späten Mittelalter und in der frühen Neuzeit. In: Rainer Gebhardt (Hrsg.): Visier- und Rechenbücher der frühen Neuzeit. (= Schriften des Adam-Ries-Bundes e. V. Band 19). Adam-Ries-Bund, Annaberg-Buchholz 2008, ISBN 978-3-930430-78-9, S. 1–36.
Carl Friedrich Gauß’ Aktivitäten an der Universität Göttingen. In: Nachrichten der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, II. Mathematisch-Physikalische Klasse. Jahrgang 2002, Nr.2. Vandenhoeck & Ruprecht, 2002, ISSN0065-5295, S.25–131.
Neues zur Handbibliothek von C. F. Gauß. In: Mitteilungen. Nr. 44. Gauß-Gesellschaft e. V., Göttingen 2007, ISSN0435-1452, S. 43–57.
Der Mathematiker E. H. Dirksen und C. F. Gauß. In: Mitteilungen. Nr. 20/21. Gauß-Gesellschaft e. V., Göttingen 1983/84, ISSN0435-1452, S. 66–76.
„Ein freundschaftliches Verhältniß“: J. L. Tiarks und C. F. Gauß. In: Hanno Beck, Reinhard Siegmund-Schultze, Christian Suckow, Menso Folkerts (Hrsg.): Natur, Mathematik und Geschichte. Beiträge zur Alexander-von-Humboldt-Forschung und zur Mathematikhistoriographie. (= Acta historica Leopoldina). Nr.27. Barth, 1997, ISSN0001-5857, S.159–174.
Weitere Arbeiten
(mit Eberhard Knobloch und Karin Reich): Maß, Zahl und Gewicht. Mathematik als Schlüssel zu Weltverständnis und Weltbeherrschung. 2. überarbeitete und ergänzte Auflage. Harrasowitz Verlag (in Kommission), Wiesbaden 2001, ISBN 978-3-447-04472-1.
Fooke Hoissen Müller. Sämtliche Gedichte. Kritisch herausgegeben und eingeleitet von Menso Folkerts. Verlag Ostfriesische Landschaft, Aurich 1998. ISBN 3-932206-12-6 (mit ausführlicher Biographie).
Boethius. Texte und Abhandlungen zur Geschichte der exakten Wissenschaften. Franz Steiner Verlag, Stuttgart, Band 12 (1985) bis Band 69 (2018); 58 Bände.
Algorismus. Studien zur Geschichte der Mathematik und der Naturwissenschaften. Institut für Geschichte der Naturwissenschaften, München, bzw. Dr. Erwin Rauner Verlag, Augsburg, ab Band 1 (1988); bisher 85 Bände.
Vorsitzender der Kommission für Wissenschaftsgeschichte der Sächsischen Akademie der Wissenschaften 1997–2016
Obmann und Mitglied des Senats der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina 1998[10]:21–2006
Bayerische Akademie der Wissenschaften: Mitglied der Kepler-Kommission 2006–2016,[10]:21 Vorsitzender der Kommission für Wissenschaftsgeschichte 2008-2016, Vorsitzender des Projektbeirats „Wissenschaftsgeschichte“ seit 2016
↑Membres correspondants et membres effectifs. Académie Internationale d'Histoire des Sciences / International Academy of the History of Science, abgerufen am 10. Dezember 2019 (französisch).
↑ abcdefgJoseph W. Dauben et al.: Zur Biographie von Menso Folkerts. In: Joseph W. Dauben et al. (Hrsg.): Mathematics Celestial and Terrestrial. Festschrift für Menso Folkerts zum 65. Geburtstag (= Acta Historica Leopoldina. Band54). Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina, Halle (Saale) 2008, ISBN 978-3-8047-2482-2, S.11–21.