Werner Heider (s. 1. tammikuuta 1930, Fürth, Baijeri) on saksalainen säveltäjä, pianisti ja kapellimestari. Hän opiskeli Willy Spillingin johdolla Nürnbergissä sekä Münchenin musiikkikorkeakoulussa.
Heiderille on myönnetty mm. Nürnbergin kaupungin kulttuuripalkinto 1990 ja Wolfram von Eschenbachin palkinto 1985.