En 1881, Édouard Harlé, chargé de mener une inspection par Émile Cartailhac, étudie les peintures pariétales de la grotte d'Altamira nouvellement découverte, en Espagne. Dans son rapport, il se conforme à l'idée dominante de l'époque en remettant en cause l'authenticité des peintures[2].
Vers 1900, Édouard Harlé s'installe à Bordeaux. À sa retraite, il se consacre entièrement à ses recherches en paléontologie et préhistoire.
Édouard Harlé étudia notamment les faunes quaternaires de la péninsule Ibérique et du Sud-Ouest de la France[1].
« Notes prises au cours de chemins de fer 1891-1892 », 1892.
« Restes d'élan et de lion dans une station préhistorique de transition entre le quaternaire et les temps actuels à Saint-Martory (Haute-Garonne) », 1894.
« Catalogue de paléontologie quaternaire des collections de Toulouse », 1899.
« Rochers Creusés par des Colimaçons : A Salies-du-Salat (Haute-Caronne) », 1900.
« Gisement à Saïga dans le sud-ouest de la France », 1900.
« Faune quaternaire de Saint-Sébastien (Espagne) », 1908.
« Faune de la grotte Das Fontainhas », 1908.
« Faune quaternaire de la province de Santander (Espagne) », 1908.
« Ossements de renne en Espagne », 1908.
« Essai d'une liste des mammifères et oiseaux quaternaires connus jusqu'ici dans la péninsule ibérique », 1909.
« Faune de la grotte à Hyènes rayées de Furninha et d'autres grottes de Portugal », 1909.
« Une Nouvelle faune de mammifères des phosphorites du Quercy », 1909.
« Porc-épic quaternaire des environs de Montréjeau (Haute-Garonne) », 1910.
« La Hyaena intermedia et les ossemens humatiles des cavernes de Lunel-Viel », 1910.
« Restes d'elephas primigenius ... des Landes », 1910.
« Les Mammifères et oiseaux quaternaires connus jusqu'ici en Portugal: Mémoire suivi d'une liste générale de ceux de la péninsule ibérique », 1910.
« Le Vol de grands reptiles et insectes disparus semble indiquer une pression atmosphérique élevée », 1911.
« Nouvelle découverte de Lemming à Teyjat (Dordogne) », 1911.
« Dunes parallèles sur la côte de Gascogne », 1912.
« Nombreux restes de Lemming dans la station préhistorique de l'abri Mège, à Teyjat. (Dordogne) », 1912.
« Un capridé quaternaire de la Dordogne, voisin du Thar actuel de l'Himalaya », 1914.
Le premier bateau à vapeur bordelais, Bordeaux, impr. de Gounouilhou, , 8 p. (lire en ligne)
« Livre de famille : recueil de documents sur ma famille », 1914.
« Les dunes continentales des Landes de Gascogne », 1916.
« Mechanics of the Panama canal slides », 1916.
« Les premiers travaux de construction de l'observatoire du sommet du Pic du Midi », Bulletin de l'Observatoire du Pic du Midi, 1919.
« Quelques notes sur le Général de Nansouty, créateur de l'Observatoire du Pic du Midi », Bulletin Pyrénéen, n°154, octobre-novembre-décembre 1920.
Mémoire sur les dunes de Gascogne : avec observations sur la formation des dunes, Paris, Imprimerie nationale, , 145 p. (lire en ligne)
« Quelques inventions de la Grande Guerre et de la guerre de 1870 », 1921.
« Le Pic du Midi de Bigorre en décembre 1875 », Bulletin Pyrénéen, n°160, avril-mai-juin 1922.
« Études sur les landes de Gascogne. I. La soi-disant "Pénéplaine landaise" de Gascogne. II. Ancien lit de l'Adour à son débouché dans la mer, avec observations sur les dunes... ».
« Signes peints sur des maisons en Espagne ».
« Une empreinte pédiforme moderne ».
« Les ressources forestières et les améliorations sylvo-pastorales dans les Hautes-Pyrénées ».
Arnaud Hurel, « L'institutionnalisation de l'archéologie préhistorique en France métropolitaine (1852-1941) et l'Institut de paléontologie humaine Fondation Albert Ier de Monaco », 2004
Marc Groenen, « Pour une histoire de la préhistoire : le Paléolithique », 1994