Jean Benner est proche d'un autre peintre alsacien, Jean-Jacques Henner, auquel il dédie quelques pages après la disparition de celui-ci[5]. Les deux artistes ont réalisé mutuellement leurs portraits.
En 1866 il est séduit par l'île de Capri, puis épouse la fille de son hôte, Margherita Pagano[6]. Jusqu'à la fin de sa vie il effectue de fréquents séjours sur l'île qui devient pour lui une source d'inspiration majeure.
De son union avec Margherita Pagano, naîtront quatre enfants : Elise, qui décède en bas âge, Emmanuel-Michel dit Many, Marguerite (qui épousera le peintre Edmond Suau) et Jeanne, tous trois artistes-peintres.
Édouard Benner, Tableaux généalogiques de l'ancienne famille patricienne Benner de Mulhouse depuis la dernière moitié du XIVe siècle à 1894, impr. F. Sutter, 1894
Patrick Cabanel, « Emmanuel et Jean Benner », in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 1 : A-C, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2015, p. 233-234 (ISBN978-2846211901)
Catherine Galliath, Jean et Emmanuel Benner, peintres jumeaux : deux vies, deux œuvres, Université de Strasbourg 2, 1993 (mémoire d'Histoire de l'art)
Gabriel Vicaire, « Benner Emmanuel et Jean », in L'Alsacien-Lorrain. Biographies alsaciennes et portraits en photographie, Meyer Antoine, Colmar, 1883, 3 p.