S'occupant, dans ses dernières années, de la bibliothèque du collège des jésuites de Paris (le Collège de Clermont), il publia Systema bibliothecæ collegii Parisiensis Societatis Jesu (Paris, 1678).
Enfin, il publia en 1680 le « journal des papes », Liber diurnus Romanorum Pontificum[1], avec notes et dissertations historiques (sur la correspondance des papes, sur Honorius Ier et le monothélisme, où il cherche à disculper ce pape d'hérésie, et sur l'usage du pallium).
Après sa mort:
son confrère, le père Jean Hardouin, publia de lui une édition commentée, accompagnée de quatre dissertations sur Théodoret de Cyr (sa vie, ses écrits, sa doctrine, le concile de 553 qui le condamna) :
Auctarium Theodoreti Cyrensis episcopi, seu operum tomus quintus[2] (Paris, 1684 ; précédé de l'éloge du père Garnier par le père Hardouin).
Enfin, en 1689, on publia aussi son Tractatus de officiis confessarii erga singula pænitentium genera.
↑Il s'agit du « Recueil des formules usitées par la chancellerie pontificale du Ve au XIe siècle », existant dans trois manuscrits dont l'un se trouvait à l'époque dans la bibliothèque du Collège de Clermont.
↑Il s'agit d'un supplément (5e tome) à l'édition en quatre volumes des œuvres de Théodoret donnée par Jacques Sirmond en 1642.
« Jean Garnier, jésuite », dans Louis Ellies Dupin, Nouvelle bibliothèque des auteurs ecclésiastiques, chez Pierre Humbert, Amsterdam, 1711, tome XVII, p. 197 (lire en ligne)
« Jean Garnier », dans Jean-Pierre Niceron, Mémoires pour servir à l'histoire des hommes illustres, chez Briasson, Paris, 1739, tome 40, p. 166-179(lire en ligne)