Initialement, deux entreprises distinctes contrôlaient et exploitaient les voies aériennes à Manhattan: le New York Elevated Railroad (Third et Ninth Avenues) et la Metropolitan Elevated Railway (Sixth Avenue, et le projet de la Second Avenue)[2]. Le , une nouvelle entité baptisée Manhattan Railway Company fut créée[3]. Elle prit le contrôle à bail des deux entreprises le [4]. Le , la Manhattan Railway Company prit également le contrôle de la Suburban Rapid Transit Company, qui opérait la section de la Third Avenue Line située dans le Bronx[5].
Après plus de soixante années de fonctionnement, sous le contrôle de plusieurs juridictions et entreprises (et principalement l'IRT), les lignes aériennes furent progressivement démantelées entre 1938 et 1973, alors que les lignes souterraines se multipliaient:
La section de la Ninth Avenue Line située au sud de la 155e rue fut fermée en 1940, tandis que la section située au nord de cette station fut utilisée comme navette vers le Bronx sous le nom de "Polo Grounds Shuttle" (« Navette des terrains de polo ») jusqu'en 1958.
Les dessertes dans la section de la Third Avenue Line située à Manhattan furent progressivement supprimées entre le début des années 1950 et 1955, tandis que la partie de la ligne située dans le Bronx fut fermée en 1973.
↑(en) Cudahy, Brian J., Under the Sidewalks of New York: The Story of the Greatest Subway System in the World, 2nd Revised Edition. Fordham University Press, New York, 1995, p 112.