Nikola Eterović est ordonné prêtre le par l'évêque Célestin Bezmalinović. Le , il rejoint le service diplomatique du Saint-Siège, il travaille dans les nonciatures apostoliques de la Côte d'Ivoire, d'Espagne et du Nicaragua. Le il est promu chapelain de Sa Sainteté et prélat d'honneur de Sa Sainteté le [1]. Le pape Jean-Paul II le nomme archevêque titulaire de Siscia(de) et nonce apostolique en Ukraine le , il est consacré le en la basilique Saint-Pierre de Rome par le cardinal secrétaire d’État Angelo Sodano, assisté des évêques Ante Jurić, archevêque de Split, et Slobodan Stambuk, évêque de Hvar. Le , il est nommé Secrétaire général du Synode des évêques, et le , en raison de la création du diocèse réel de Sisak, Eterović est nommé archevêque titulaire de Cibalæ(de).