À la suite du changement de régime consécutif à la Conférence des forces vives de la nation de au Bénin, il a successivement occupé les fonctions de ministre de l'Éducation nationale dans le gouvernement de transition (1990-1991), puis ministre de la Culture et de la Communication (1991-1993). Ensuite chargé de mission du président de la République, il démissionne en pour reprendre ses enseignements. En 2009, il est directeur du Centre africain de hautes études dont le siège est à Porto-Novo au Bénin.
Après avoir élaboré une thèse sur Husserl, il a fait des travaux remarquables sur la philosophie et la pensée en Afrique, travaux dans lesquels il récuse fermement l'attitude qui consiste à appeler « philosophie » la vision du monde d'un peuple donné. Il propose l'usage discriminatif suivant :
«
Philosophie proprement dite (sans guillemets) : ensemble de textes et de discours explicites, littérature d'intention philosophique.
« Philosophie » au sens impropre, souligné ici par les guillemets : vision du monde collective et hypothétique d'un peuple donné.
Ethnophilosophie : recherche qui repose, en tout ou partie, sur l'hypothèse d'une telle vision du monde, essai de reconstruction d'une « philosophie » collective supposée.
»
En bref, dans ses recherches, il critique un mythe popularisé par les chercheurs qu’il a appelés ethnophilosophes et qui affirment qu'il existe une philosophie africaine autochtone collective, séparée et distincte de la tradition philosophique occidentale[8]. Il soutient qu’une véritable philosophie africaine doit assimiler et dépasser l’héritage théorique de la philosophie occidentale, par un effort personnel de pensée autonome et critique.
Jusqu'à la fin de sa vie, Hountondji a défendu l'idée d'une philosophie universaliste développée par des Africains, qui peut prendre pour objet des questions spécifiques des cultures et sociétés africaines, tout en contribuant au développement général de la discipline philosophique pour l'ensemble de l'humanité[9].
Hountondji devant des exemplaires de la revue Quest.
Sur la « philosophie africaine. Critique de l'ethnophilosophie, Paris, François Maspero, 1976) (featured on the list of Africa's 100 Best Books of the 20th Century ; published in English (transl. H. Evans & J. Rée) as African Philosophy: Myth and Reality, Bloomington, Indiana University Press, 1983); second edition of the English version (with a preface by Hountondji), 1997.
(éd), Les Savoirs endogènes : pistes pour une recherche, Dakar, Éditions du Codesria, 1994.
Combat pour le sens : un itinéraire africain, Cotonou, Éditions du Flamboyant, 1997.
The struggle for meaning: Reflections on Philosophy, Culture and Democracy in Africa, Athens, Ohio University Press, 2002.
(éd.), Endogenous Knowledge: research trails, Dakar, Éditions du Codesria, 1997
What can philosophy do? » (1987: Quest 1:2, p. 2–28)
« l’appropriation collective du savoir : tâches nouvelles pour une politique scientifique », Genève-Afrique, Vol XXVI, 1988, 1, p. 46-66
Tradition, Hindrance, or Inspiration? » (2000: Quest XIV:1–2)
« La science dans les pays pauvres », Quest (Groningen), 1997, vol. X, No 2 (pages 37–64).
« Construire l’autosuffisance, l’économie béninoise d’hier à demain », chapitre 5 in Hountondji J. Paulin (éditeur), 2000, p. 181-253.
D'autres écrits de Paulin J. Hountondji ont été publiés dans des revues telles que : Diogène, Présence africaine, Cahiers philosophiques africains, Thought and Practice, Quest, Genève-Afrique, Revue sénégalaise de philosophie.
↑Paulin J. Hountondji, Sur la "philosophie africaine" : critique de l'ethnophilosophie, Paris, François Maspero, (lire en ligne)
↑Séverine Kodjo-Grandvaux, « Le philosophe Paulin Hountondji, inventeur du concept d’« ethnophilosophie », s’est éteint », Le Monde, (lire en ligne, consulté le )
↑(en) Adam Nossiter, « Paulin Hountondji, Revolutionary African Philosopher, Dies at 81 », New York Times, (lire en ligne, consulté le )
Paul Christian Kiti, Désiré Médégnon, Aloyse-Raymond Ndiaye (eds), La quête du sens. Mélanges offerts à Paulin Hountondji à l’occasion de ses 80 ans, [Bénin], Star Éditions, 2021.
Salim Abdelmadjid, 2024, « Actualités et spectralités de Paulin J. Hountondji. Introduction à « Des “Socrate” par milliers ? » de Paulin J. Hountondji » Dans Abdelmadjid Salim (coord.), dossier « Actualité de la philosophie africaine », Politika (atelier prolongeant le colloque « Actualité de la philosophie africaine » organisé à l’université Toulouse-Jean Jaurès et à Sciences Po Paris du 15 au 18 janvier 2024).
Seloua Luste Boulbina (dir.), Dix penseurs africains par eux-mêmes, Chihab éditions, Alger, 2016, 151 p. (ISBN978-9947-39-116-7) (« La tentation de l'ethnophilosophie » : entretien de Valérie Marin La Meslée avec Paulin Hountondji)