פָּלֵאוגנטיקה (באנגלית: Paleogenetics, "פלאו" מיוונית = עתיק, "גנסיס" מיוונית = מוצא) הוא תחום במדעי החיים העוסק בחקר ה-DNA והגנים של אורגניזמים קדומים, כמו בני-אדם, בעלי-חיים וצמחים שמתו לפני שנים רבות. מחקר כזה דורש לרוב מיצוי של ה-DNA מתוך דגימות עתיקות של תאים מתים - רקמות משומרות, מומיות או עצמות מאובנות. מונחים קרובים במשמעותם הם ארכאוגנטיקה ופלאוגנומיקה.
נכון לשנת 2011, בין המינים הנכחדים שלפחות חלק מן ה-DNA שלהם מוצה ניתן למצוא את האדם הניאנדרטלי, האדם הדניסובי, הממותה, המסטודון, דוב המערות, הזאב הטסמני, הקואגה ועוף המואה. כמו כן מוצה DNA ממומיות רבות אשר שימש, למשל, להתחקות אחר שושלות פרעונים, כמו זיהוי אמו של תות ענח' אמון.
הביולוג השוודי סוונטה פבו, אשר בשנת 1984 היה הראשון למצות DNA עתיק ממומיה מצרית בת 2,400 שנה, נחשב לעיתים כאב המייסד של התחום.
המונח "פלאוגנטיקה" נטבע בשנת 1963 על ידי לינוס פאולינג ואמיל צוקרקנדל כצרוף של המונחים פלאונטולוגיה וגנטיקה, והוא מתייחס לרוב ל-DNA שמוצה ממאובנים.
כאשר מדובר ב-DNA שמוצה ומופה בכמויות המגיעות לחלק משמעותי מתוך הגנום, או לפחות חלק משמעותי מתוך הגנום המיטוכונדרי, נוהגים כיום להשתמש לעיתים במונח "פלאוגנומיקה".
המונח "ארכאוגנטיקה" נגזר על ידי הארכאולוג הבריטי קולין רנפרו מן המונח "ארכאולוגיה", ומשמש לרוב בהקשרים ארכאולוגים כגון מחקר של מומיות בני-אדם, אך לעיתים מתייחס גם לרצף הגנום של אוכלוסיות עתיקות אשר שוחזר על פי DNA שמוצה בשיטות הרגילות מבני-אדם חיים, למשל הרצף של חווה המיטוכונדרית. בספרות הארכאולוגית נוהגים להתייחס ל-DNA שמוצה מדגימות עתיקות במונח "דנא עתיק" (אנגלית: Ancient DNA או בקיצור מקובל aDNA).
החל משנת 2007 מיצה צוות חוקרים מרשות העתיקות של מצרים, אוניברסיטת בולצאנו באיטליה ואוניברסיטת טובינגן בגרמניה DNA עתיק מ-16 מומיות מן השושלות הפרעוניות ה-18, ה-19 וה-20, מן המאות ה-16 עד ה-11 לפני הספירה. על-מנת למנוע שגיאות כתוצאה מזיהום DNA, המחקר נערך באופן בלתי-תלוי בשתי מעבדות נפרדות. מחקר זה אפשר שחזור יחסי הקרבה בחמישה דורות מאבותיו של תות ענח' אמון. בין השאר זוהו שתיים מן המומיות כאביו ואמו, וכן נמצא שאשתו הייתה גם אחותו המלאה. ב-DNA אותרו מספר פגמים תורשתיים שהצטברו בשושלת הפרעונים כתוצאה מנישואי קרובים[1].