בכנסת הראשונה שימש דינור כחבר הכנסת מטעם מפא"י, במשבצת שיועדה לאנשי הרוח שמזדהים עם המפלגה. בראשית ימי הכנסת השנייה (1951) מונה לשר החינוך השלישי של מדינת ישראל, וכיהן בתפקיד עד 3 בנובמבר1955, בלי שהיה חבר הכנסת.
זכרו של דינור הונצח בבול דאר ישראלי. ב-10 באפריל2002, הנפיק דאר ישראל סדרה של 4 בולי דאר על היסטוריונים יהודים שעסקו בהיסטוריה של היהודים בגולה בתקופה שקדמה להקמת מדינת ישראל, בהם בול לזכרו של בן ציון דינור שעליו מופיע דיוקנו. על השובל של הבול הופיעה הכתובית: "ישראל בגולה". האמן אד ואן אוין עיצב את הבול. דאר ישראל מכר 833,000 מהבול הזה עד להפסקת המכירה.[3]
בן-ציון דינור כתב שני ספרים אוטוביוגרפיים המספרים על חייו על רקע התקופה בה חי: "בעולם ששקע" ו"בימי מלחמה ומהפכה".
דינור צידד בגישה של כתיבת היסטוריה גלובלית של עם ישראל, והוא כתב את "תולדות ישראל מראשית ימי ישראל ועד ימינו אלה".
חיבר מפעל מונומנטלי "ישראל בגולה". הכולל את כל דברי הימים של עם ישראל, עד לימי המגפה השחורה. החידוש הגדול במחקרו הוא בתיאור חיי הקהילות: משפחה, נישואין, סדרי הבית, תורה וחכמה, אמונות העם, והשקפות החכמים, קבורה, החגים. פרט לכך דן דינור ביחס שבין יהודים לגויים, אנוסים ומשומדים, גויים ומתיהדים. הוא צירף לספרו שו"ת, ציורים, צילומים, כתבי יד, פרטים מספרי הלכה. כן כתב על הזרמים השונים ביהדות, המחלוקת ביניהם, הרדיפות, הוויכוחים הדתיים שבין יהודים לנוצרים והתנועות המשיחיות.
ספריו החשובים ביותר הם "ישראל בארצו" ו"ישראל בגולה".
דינור דגל בשיטת המקורות, והוא הביא בספריו את המקורות כלשונם, ארגנם, והוסיף מבואות, ואת הערותיו.
דינור היה מגלמה המובהק של הגישה השלטת במשך שנים רבות בקרב חוקרי תולדות הציונות בשאלת התיאור ההיסטוריוגרפי הנכון של הציונות.
דינור סבר "כי אין להבין אל נכון את התנועה הציונית מבלי לתפוש את זיקתה היסודית לדחפים עתיקי יומין, ומבלי להכיר בכך שמה שעמד בלבה של ההתעוררות הלאומית רבת-העוצמה של המאה העשרים לא היה אלא אותה הרוח המשיחית שליוותה את ההוויה היהודית לדורותיה".[4]
וכך חשב דינור אודות שאלת המאבק על ארץ ישראל:
"עם פלסטיני לא היה ולא נברא, לא משל ולא נמשל. אבל אם היהודים שלנו יעזרו לו להיות – הוא יהיה... למי שיאמר לי: 'נכון, עד היום לא היה עם פלשתינאי, אבל ברגע זה הוא הולך ומתגבש' – אוֹמָר: אולי. אבל, אם כך- אל תבוא אליי בבקשה בטענה של 'זכות-אבות' או 'זכויות היסטוריות' ".
"לערבים בארץ ישראל - כל הזכויות, אבל על ארץ ישראל - שום זכות."[5]
דברים על מטרות ותכנים בן-ציון דינור; ליקט יוסף יונאי. ירושלים: מחלקת הפרסומים, משרד החינוך והתרבות, תשנ"א 1991.
דורות ורשומות: מחקרים ועיונים בהיסטוריוגרפיה הישראלית בבעיותיה ובתולדותיה בן-ציון דינור (בן-ציון דינור: כתבים היסטוריים; כרך רביעי). ירושלים: מוסד ביאליק, תשל"ח 1978.
במקרא ובדורותיו: מחקרים ועיונים להבנת המקרא ותולדות ישראל בתקופתו בן-ציון דינור (כתבים היסטוריים: בן ציון דינור; ג). ירושלים: מוסד ביאליק, תשל"ז 1977.
במאבק דורות: של עם ישראל על ארצו מחורבן ביתר עד תקומת ישראל בן-ציון דינור (בן-ציון דינור: כתבים היסטוריים; חלק שני). ירושלים: מוסד ביאליק, תשל"ה 1975.
ישראל בגולה: מקורות ותעודות ערוכים וסדורים לפי העניינים והזמנים בתוספת פתיחות, ביאורים והערות בן-ציון דינור. מהדורה שנייה מתוקנת (תולדות ישראל: מסופרות על ידי מקורות ותעודות מראשית ישראל עד ימינו אלה. סדרה ב', כרך ה'). תל אביב: דביר, תשי"ט-תשל"ג 1972.
מסכת אבות מפורשת ומבוארת מתוך עיון במבנה מאמריה, זמניהם ומסיבותיהם בצירוף מבוא מאת בן ציון דינור. ירושלים: מוסד ביאליק, תשל"ג 1972.
גלויות וחורבנן בן ציון דינור. ירושלים: מוסד ביאליק, תשכ"ד.
בני-דורי: ציונים וקווים לדמויות חכמים ומחנכים, אנשי ציבור ו"עומדים בשער" בן-ציון דינור. תל אביב: תשכ"ג.
ספר הציונות בן ציון דינור. מהדורה שנייה. ירושלים: מוסד ביאליק, תשכ"א.
בימי מלחמה ומהפכה: זכרונות ורשומות מדרך חיים (תרע"ד-תרפ"א). ירושלים: מוסד ביאליק, תשכ"א 1960.
זכור: דברים על השואה ועל לקחה בן-ציון דינור. ירושלים: יד ושם, תשי"ח 1958.
בעולם ששקע: זכרונות ורשומות מדרך חיים (תרמ"ד-תרע"ד) בן-ציון דינור. ירושלים: מוסד ביאליק, תשי"ח 1958.
ערכים ודרכים: בעיות חינוך ותרבות בישראל בן-ציון דינור. תל אביב: אורים, תשי"ח.
במפנה הדורות: מחקרים ועיונים בראשיתם של הזמנים החדשים בתולדות ישראל בן-ציון דינור (בן-ציון דינור: כתבים היסטוריים; כרך ראשון). ירושלים: מוסד ביאליק, תשט"ו 1955.
א. ה"אני מאשים" של אמיל זולא ומשמעותו ההיסטורית. ב. כרוניקה קצרה של "עניין דריפוס" בן-ציון דינבורג (סדרת האנתולוגיות במדעי הרוח; ספר אחד). ירושלים: תש"ו.
"הגיטו החדש" של הרצל ומשמעותו ההיסטורית בן ציון דינבורג. תל אביב: תש"ו.
מפלסי דרך: דמויות לתולדות עיצובה של תנועת שיבת ציון ותחית ישראל בן ציון דינבורג: תל אביב: בטרם, תש"ו.
ישראל בארצו: מקורות ותעודות ערוכים וסדורים לפי העניינים והזמנים בתוספת פתיחות, ביאורים והערות: כרך ראשון, מימי ראשית ישראל עד גלות בבל (תולדות ישראל מראשית ישראל עד ימינו אלה. מקורות ותעודות; כרך א') בן-ציון דינבורג. תל אביב: דביר, תרצ"ח 1938.
ישראל בגולה: מקורות ותעודות ערוכים וסדורים לפי העניינים והזמנים בתוספת באורים והערות בן-ציון דינבורג. (תולדות ישראל: מראשית ימי ישראל עד ימינו אלה. מקורות ותעודות. סדרה ב'; כרך ה-ו). תל אביב: דביר, תרפ"ו.
חבת ציון בן ציון דינבורג. תל אביב: חברה, תרצ"ב-תרצ"ד.
ארץ ישראל בשנת תרפ"ג: תעודות, עובדות וצרופי מעשים בן ציון דינבורג. ירושלים: משנה לשנה, תרפ"ד 1924.
תולדות ישראל: (כריסטומטיה היסטורית) מקורות ותעודות ערוכים בסדר כרונולוגי וסיסטמטי עם ביאורים והארות מראשית ישראל עד ימינו אלה. ספר עזר למורים, תלמידים ומתלמדים בן-ציון דינבורג. קיוב: חברת "מפיצי השכלה בישראל", פטרוגרד, תרע"ט.
מכתבי אברהם מאפו כונסו בצירוף הערות ונספחים על ידי בן ציון דינור. ירושלים: מוסד ביאליק, תש"ל 1970.
כלל ישראל: פרקים בסוציולוגיה של העם היהודי בעריכת בנציון דינור, אריה טרטקובר, יעקב לשצ'ינסקי. ירושלים: מוסד ביאליק, 1954.
ספר הציונות: מבחר הספרות הציונית ורשומי התנועה ומפעליה בגילוייהם ובהשתלשלותם ההיסטורית, ערוך ומסודר לפי הזמנים והעניינים. תל אביב: מוסד ביאליק על ידי דביר, תרצ"ט-תש"ד.
רבינו משה בן מימון: חייו וספריו, פעולותיו והשקפותיו, מקורות ותעודות בתוספת ביאורים והארות ערוכים וסדורים בידי בן-ציון דינבורג. תל אביב: דביר, תרצ"א 1935.
כתבים ציוניים צבי (הרמן) שפירא; נאספו ונסדרו בידי בן ציון דינבורג. ירושלים: הלשכה הראשית של הקק"ל, תרפ"ה.
'דינבורג, בן־ציון', בתוך: דוד קלעי, ספר האישים: לכסיקון ארצישראלי, תל אביב: מסדה – אנציקלופדיה כללית, תרצ"ז, עמ' 162–163. (הספר בקטלוג ULI)
ציון, שנה סח, ד' תשס"ג, חוברת המוקדשת לבן ציון דינור בשנת ה-30 לפטירתו.
יצחק בער, 'לזכר בן ציון דינור, ההיסטוריון היהודי', ציון לז (תשל"ב 1972), 217–221.
צבי צמרת, 'בן-ציון דינור: אינטלקטואל בונה מדינה', הציונות כא (תשנ"ח 1998), 321–332.
צבי צמרת, 'בן-ציון דינור בין ’ממלכתיות’ ל’תנועתיות’', בתוך: מרדכי בר-און (עורך), אתגר הריבונות: יצירה והגות בעשור הראשון למדינה, ירושלים: יד יצחק בן-צבי, תשנ"ט 1999, עמ' 45–61.
צבי צמרת, 'בן-ציון דינור: אינטלקטואל כאדריכל חינוכי', מחקרים בספרות ישראל (תשס"ג 2003), 183–198.
יצחק קונפורטי, זמן עבר - ההיסטוריוגרפיה הציונית ועיצוב הזיכרון הלאומי, ירושלים: יד יצחק בן צבי 2006.
יצחק קונפורטי, 'שאלת האובייקיביות וההיסטוריונים הציונים', ציון סח (2003), עמ' 467 - 496.
אריאל ריין, היסטוריון בבינוי אומה: צמיחתו של בן ציון דינור ומפעלו ביישוב (1884–1948), דיסרטציה, האוניברסיטה העברית בירושלים, תשס"א 2000.