וילצ'ינסקה נולדה בוורשה, ליוליאן יצחק וסלומה לבית וַאלפיש, במשפחה יהודית פולנית אמידה. סיימה את לימודיה בבית הספר לבנות ידוויגה שיקורסקה (Jadwiga Sikorska) בוורשה, ומשם המשיכה ללימודי מדעים באוניברסיטת לייז' בבלגיה ובאוניברסיטת ז'נבה בשווייץ. עם שובה לוורשה, החלה לעבוד, תחילה בהתנדבות, במעון לילדים יהודים יתומים, הצליחה להקים ולארגן בית מחסה עבורם, ומונתה לנהל אותו.
בשנת 1909 פגשה בשווייץ בד"ר יאנוש קורצ'אק, והיא שהביאה אותו כאיש חינוך לנהל את בית היתומים לצידה.[2] יחד ניהלו השניים את בית היתומים לילדים יהודים בוורשה, ששכן ברחוב קְרוֹכְמַאלְנָה 92 (והועבר מספר פעמים בגטו ורשה: כְלוֹדְנָה 33, סְיֶינָה 16 ושְלִיסְקָה 9). בית היתומים פעל בין 1912 ל-1942, ונעשה בו שימוש בשיטות פדגוגיות חדשניות. וילצ'ינסקה שימשה המנהלת שלו בהיעדרו של קורצ'אק במלחמת העולם הראשונה ובמהלך נסיעתו לארץ ישראל בשנים 1934 ו-1936.
בשנת 1919 הייתה וילצ'ינסקה המנהלת הכללית של בית הילדים, וקורצ'אק היה מנהלו ראשי. היא ארגנה חוג לנשים אמידות, שהיו מוכנות לסייע לבית היתומים.
בשנת 1931 ביקרה וילצ'ינסקה בארץ ישראל ושהתה זמן מה בקיבוץ עין חרוד. היא חזרה לביקור בארץ ב-1938, אך שבה לפולין כשהחלו להגיע ידיעות מדאיגות בדבר גורל היהודים בה. עם הכיבוש הנאצי של פולין, הצליחו אנשי עין חרוד לארגן לווילצ'ינסקה אפשרות לעזוב את פולין, אך היא סירבה ועברה עם קורצ'אק והילדים לגטו.
ב-5 באוגוסט1942 הגיעו הגרמנים לבית היתומים, כדי לקחת את היתומים ואת חלק מאנשי סגל העובדים למחנה ההשמדהטרבלינקה. אף שלשניהם הוצעו אפשרויות מילוט, נשארו קורצ'אק ווילצ'ינסקה עם חניכיהם ברגעיהם האחרונים. קורצ'אק הרגיע את היתומים וסיפר להם שהם יוצאים לטיול ביחד. קורצ'אק ווילצ'ינסקה הלכו עם היתומים אל מותם בידי הנאצים, בתא גזים בטרבלינקה.
יש הטוענים כי וילצ'ינסקה לא זכתה להכרת ציבורית רחבה כפי שזכה לה יאנוש קורצאק בגלל אופייה הצנוע והמופנם, או מפני שלא השאירה אחריה כתבים, ואולי כי ההבניה החברתית האופיינית לאותה תקופה הייתה שנשים עובדו לרוב מאחורי הקלעים.[3]
בשנת 2019, בערב יום הזיכרון לשואה ולגבורה, ביצעה התזמורת הסימפונית ירושלים בהופעת בכורה, את "סימפוניית יאנוש קורצ'אק" בניצוחו של גרהרדט מולר-גולדבום. הסימפוניה נכתבה על ידי המלחין הגרמני אוסקר גוטליב בלאר בשנת 1986 לפסנתר סולו, אך לאחר מספר שנים עובדה לתזמורת לבקשתו של המנצח דוד שלון. שמה המלא של היצירה הוא "לזכר יאנוש קורצ'אק וסטפניה וילצ'ינסקה"[4]
Stefania Wilczyńska, Słowo do dzieci i wychowawców (wybór i opracowanie: Barbara Puszkin, Marta Ciesielska; tłumaczenia filologiczne z języka żydowskiego i hebrajskiego, Lena Benoualid, Adam Bielecki, Ela Frydman), Warsaw: Muzeum Historyczne m.st. Warszawy, Ośrodek Dokumentacji i Badań Korczakianum, 2004. (Z kręgu Korczaka, tematy, ludzie, dokumenty) (בפולנית)
Heberer Patricia. Children during the Holocaust. Lanham : AltaMira Press in association with the United States Holocaust Memorial Museum, 2011.
מאמרים:
עדה הגרי-פוזננסקי, "השפעתם של יאנוש קורצ'אק וסטפה וילצ'ינסקה על ילדי הקיבוץ", החינוך המשותף, כז (95): 64–71, 1978
יוסף (יוזק) ארנון, "חינוך מחנכי הפנימיות על ידי סטפה וילצ'ינסקה ויאנוש קורצ'אק", החינוך: רבעון לדברי פדגוגיה ופסיכולוגיה, נ: 127–144, 1978
יוסף ארנון, "חינוך מחנכי הפנימיות על ידי סטפה וילצ'ינסקה ויאנוש לקורצ’אק", יאנוש קורצ’אק – מאה שנה להולדתו, בתוך החינוך נ, ג–ד (תשל"ח), עמ' 127–144. (נדפס גם בתוך: אדיר כהן (עורך), יאנוש קורצ’אק: דיוני הכנס הבינלאומי במלאת מאה שנים להולדתו, חיפה – תל אביב: בית הספר לחינוך – אוניברסיטת חיפה; בית הספר לחינוך – אוניברסיטת תל אביב, תשל"ט 1979, עמ' 99–120)
עדה הגרי-פוזננסקי, "יאנוש קורצ'אק וסטפה וילצ'ינסקה בעיני חניכיהם", החינוך וסביבו: שנתון סמינר הקיבוצים, ו–ז (תשמ"ג/תשמ"ד): 93–132
עדה הגרי-פוזננסקי, "סטפה ווילצ'ינסקה – כפי שהייתה", עיונים במורשתו של יאנוש קורצ'אק, חיפה: הוצאת הספרים של אוניברסיטת חיפה, 5: 166–194, תשנ"ה 1995
אורלי פרידמן-בן-שלום, "תיעוד ותעודה: סטפה וילצ'ינסקה המחנכת", דור לדור: קבצים לחקר תולדות החינוך היהודי בישראל ובתפוצות, לג: 193–204, 2008 – פועלה והגותה של סטפה וילצ'ינסקה, בהסתמך על דבריה בעל פה ועל כתביה, בעיקר מביקורה ב-1936 בעין חרוד.
תמי קויפמן, "נשים וזיכרון – סטפה וילצ'ינסקה", דור לדור: קבצים לחקר תולדות החינוך היהודי בישראל ובתפוצות, לג: 205–220, 2008 – ראייה מגדרית של תרומתה של וילצ'ינסקה לתאוריה החינוכית של קורצ'אק, פועלה החינוכי וקורותיה בשואה.