Bonitz var mjög áhugasamur um æðri menntun og átti mikinn þátt í að móta skólakerfið í Prússlandi eftir 1882. Hann er þó þekktastur fyrir vinnu sína við Platon og Aristóteles. Mikilvægustu verk hans um fornaldarheimspeki eru:
Disputationes Platonicae Duae (1837); endurútgefin sem Platonische Studien (3. útg., 1886). (Rannsóknir í platonsfræðum)
Observationes Criticae in Aristotelis Libros Metaphysicos (1842). (Athugasemdir við Frumspeki Aristótelesar)
Observationes Criticae in Aristotelis quae feruntur Magna Moralia et Ethica Eudemia (1844). (Athugasemdir við rit Aristótelesar Stóru siðfræðina og Siðfræði Evdemosar)
Alexandri Aphrodisiensis Commentarius in Libros Metaphysicos Aristotelis (1847). (Skýringarrit Alexanders frá Afródísías við Frumspeki Aristótelesar)