Nel 1886 si affermò con una Sinfonia, conservando nella sua vasta produzione l'impronta musicale della cultura tedesca, la corrente di rinnovamento avviata in Italia. L'esplosione del movimento verista e delle vicende storiche nelle quali si svolsero gli ultimi anni della sua vita contribuirono a farlo diventare un musicista appartato, sopravvissuto ai riconoscimenti tributatigli particolarmente nello scorcio dell'800.
Dotato di sicura tecnica orchestrale, appresa alla scuola germanica, Franchetti cercò di conciliare l'eloquenza melodica del melodramma italiano con le grandi sonorità e gli effetti spettacolari tipici dell'opera tedesca, sul modello di Meyerbeer e Wagner. Di conseguenza le sue opere liriche sono caratterizzate dalla magniloquenza della forma e dall'enfasi lirica, che però non impediscono un moderato realismo d'accenti, per cui poté essere associato al verismo della giovane scuola italiana.
Franchetti compose Don Bonaparte, sua ultima opera, tra il 1939 e il 1941. Il testo dell'opera era di Giovacchino Forzano, che già aveva scritto una pièce teatrale sull'argomento. L'opera è però rimasta a livello di manoscritto perché non fu mai eseguita.
Dopo aver composto molte opere nel periodo 1888-1924, verso la fine degli anni Venti si ritirò a vita privata e morì pressoché dimenticato a Viareggio, dove fu sepolto nel locale cimitero ebraico.
Il signor di Pourceaugnac, opera comica su libretto di Ferdinando Fontana (da Molière) (prima rappresentazione al Teatro alla Scala di Milano, 10 aprile 1897).
Germania, su libretto di Luigi Illica (prima rappresentazione al Teatro alla Scala il 17 marzo 1902). Per qualche tempo l'opera entrò nel repertorio di Enrico Caruso.