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Andrea Marcon ha iniziato giovanissimo gli studi musicali nella sua città natale. A dodici anni era voce bianca solista della Cappella Musicale del Duomo di Treviso, divenendone poi l'organista principale dal 1979 al 1982. I suoi studi musicali proseguirono a Venezia, Castelfranco Veneto e a Basilea presso la Musik Akademie der Stadt Basel - Schola Cantorum Basiliensis, dove si trasferisce dal 1983 al 1987 diplomandosi in organo, clavicembalo, musica antica e prassi esecutive.
Grazie ai numerosi organi storici presenti a Treviso, sin dalla metà degli anni Settanta si interessa alle tastiere antiche e alle antiche prassi esecutive. Suoi ingegnanti furono tra gli altri Vanni Ussardi (pianoforte), Jean-Claude Zehnder (organo storico e clavicembalo), Hans Martin Linde (direzione), Jordi Savall (musica da camera).
Ha ottenuto riconoscimenti e premi in alcuni concorsi nazionali ed internazionali di organo e clavicembalo: Roma, Bruges, il primo premio al concorso d'organo Paul Hofhaimer di Innsbruck nel 1986, il primo premio al concorso clavicembalistico di Bologna nel 1991.
Negli anni '80 e '90 compie ripetuti viaggi di studio alla scoperta dei più importanti organi storici europei, in particolare in Sassonia e nel nord della Germania, svolgendo al tempo stesso attività concertistica all'organo e al clavicembalo.
È l'ideatore del Festival Organistico Internazionale "Città di Treviso" (1988), diretto in veste di direttore artistico per venticinque anni, e del Network ECHO (European Cities of Historical Organs, 1997)[1].
Nel 1982 è tra i fondatori e l'ispiratore dei Sonatori de la Gioiosa Marca, tra i primi gruppi italiani a specializzarsi sugli strumenti originali, in musica antica e nelle antiche prassi esecutive.
Dal 2007 al 2010 ha collaborato assieme a Michael Sanderling in veste di direttore artistico della Kammerakademie Potsdam[6] e dell'Oriol Ensemble di Berlino e dal 2012 al 2020 è stato direttore artistico dell'Orquestra Ciudad de Granada[7], con la quale ha diretto e interpretato negli ultimi anni Sinfonie di Haydn, Mozart, Beethoven, Schubert, Mendelsshon, Schumann e Brahms.
Dopo essere stato docente nei conservatori italiani (Vicenza, Mantova, Foggia, Trento) nel 2012 è stato nominato professore titolare della cattedra di clavicembalo presso il Mozarteum di Salisburgo ed è attualmente professore ordinario della cattedra di clavicembalo, organo e prassi esecutive presso la Musik Akademie der Stadt Basel - Schola Cantorum Basiliensis[16]. Numerosi i suoi allievi che si sono contraddistinti, fra questi ricordiamo Benjamin Alard, Jörg Halubeck, Tobias Lindner, Johannes Keller, Vincent Bernard, Dubee Sohn, Luca Scandali, Andrea Buccarella, Marco Ruggeri, Erich Traxler, Matthias Maierhofer, Alina Ratkowska, Magdalena Malec.
È inoltre regolarmente invitato nelle giurie di alcuni concorsi internazionali di organo e clavicembalo. Nel 2017 la Fondazione Cariverona gli ha conferito l’incarico di direttore responsabile delle attività musicali e nel 2018 viene premiato dal comune di Treviso per meriti artistici e culturali con il prestigioso premio cittadino Totila d’Oro[17]. Sempre nel 2018 gli viene conferito l'incarico di direttore artistico dell'ambizioso progetto veneziano Teatro San Cassiano 1637[18] con il fine della ricostruzione di quello che fu il primo teatro d'opera pubblico.
Nel 2019 è l’ideatore per Fondazione Cariverona di Voci Olimpiche[19], concorso internazionale dedicato all’opera barocca organizzato e svolto presso il Teatro Olimpico di Vicenza. Nel maggio 2021 la città di Halle gli conferirà il Premio Handel[20].
Attualmente è docente di clavicembalo ed organo e prassi esecutiva presso la Schola Cantorum Basiliensis[16] e partecipa, come insegnante, a diversi corsi di perfezionamento in molte città europee.
1992 – Festal music for 3 organs and organ for 4 hands – The three organs of the Monastery church at Mariastein con Anneros Hulliger, Philip Swanton (Koch)[22]
Andrea Marcon, Armin Gaus, Girolamo Frescobaldi "Fioretti del Frescobaldi", Edition Gaus[70]
Andrea Marcon, Armin Gaus, Ricercari d’intavolatura d’organo mit einem Vergleich der beiden Ausgaben von Claudio Merulo (1567) und Angelo Gardano (1605), Zimmern ob Rottweil, Edition Gaus, 1995[71]
1985 - International Bach-Händel Competition (Bruges,Belgio)
1986 - Paul Hofhaimer Organ Competition. Primo premio (Innsbruck, Austria)
1991 - Concorso clavicembalistico di Bologna. Primo premio (Bolonia, Italia)
1996 - Premio Internazionale del Disco "Antonio Vivaldi" per la Musica Antica Italiana, per il disco L’eredità frescobaldiana (Fondazione Cini - Venezia, Italia)
1996 - Preis der deutschen Schallplattenkritik nella categoria Musica per clavicembalo e organo, per il disco L’eredità frescobaldiana
1997 - Preis der deutschen Schallplattenkritik nella categoria Musica per clavicembalo e organo, per il disco Domenico Scarlatti: Sonatas for Organ
2000 - Diapason d’Or, per il disco Vivaldi: le quattro stagioni
2001 - Diapason d'Or, per il disco Vivaldi: Late Violin Concertos
2001 - Choc de l'année du Monde de la musique, per il disco Vivaldi: Late Violin Concertos
2001 - Premio ECHO Klassik nella categoria Concerto registrazione dell’anno, conferito dalla critica tedesca, per il disco Vivaldi: le quattro stagioni
2002 - Premio ECHO Klassik nella categoria Ensemble/Orchestra dell’anno, conferito dalla critica tedesca, per il disco Vivaldi: Late Violin Concertos
2003 - Diapason d'Or, per il disco Locatelli: L'Arte del Violino Op. 3 Concertos No. 1, 2, 10, 11
2003 - Preis der Deutschen Schallplattenkritik nella categoria Canzone e recital vocale, per il disco Bach: Arias[72]
2004 - Preis der Deutschen Schallplattenkritik nella categoria Musica per clavicembalo e organo, per il disco Masters of the Italian Renaissance[73]
2007 - Preis der Deutschen Schallplattenkritik nella categoria Canzone e recital vocale, per il disco Amor sacro. Antonio Vivaldi: Mottetti[74]
2007 - Premio Edison Klassiek nella categoria Barroco, conferito dalla critica olandese, per il disco Vivaldi: Concerti e Sinfonie per Archi[75]
2009 - Diapason d'Or, per il disco Vivaldi: Concertos for Two Violins 2009 - Preis der Deutschen Schallplattenkritik nella categoria de Recital vocale, per il disco Magdalena Kožená: Vivaldi
2010 - Premio Lirico Teatro Campoamor nella categoria Direzione musicale, conferito dalla critica spagnola, per Ariodante di Haendel[76]
2014 - Premio Gramophone, nella categoria Concerto, per il disco Farinelli: Porpora Arias
^ Veronica Cangemi, Ruxandra Donose e Antonio Caldara, La Concordia De' Pianeti, Universal Music. URL consultato il 20 aprile 2021 (archiviato il 20 aprile 2021).
^ Andrea Marcon, Venice Baroque Orchestra e Simone Kermes, Vivaldi: Andromeda liberata, Deutsche Grammophon. URL consultato il 20 aprile 2021 (archiviato il 22 aprile 2021).