Nel 2000 si è iscritto alla facoltà di Film, Televisione e Multimedialità dell'Università di Sungkyunkwan, ma ha poi interrotto gli studi[2]. Ha una sorella minore.
Si è ritirato dalla recitazione nel 2007, rimanendo attivo nel mondo dello spettacolo come presidente dell'agenzia KeyEast. Nel 2009, Bae e l'agenzia hanno stretto una partnership con Park Jin-young e la JYP Entertainment, producendo la serie Dream High nel 2011[3][4][5]. Come produttore creativo, Bae ha supervisionato la sceneggiatura e la produzione, apparendo anche in quattro episodi come guest star[6][7][8]. La collaborazione tra KeyEast e JYPE, chiamata Holyim, è durata fino al 2013.
Bae ha sposato l'attrice Park Soo-jin il 27 luglio 2015 al Sheraton Grande Walkerhill Hotel[9]. La coppia si frequentava dal febbraio precedente[10][11][12]. Il 23 ottobre 2016, Park ha partorito il loro primogenito, un maschio[13]. Il 10 aprile 2018 è nata invece una bambina[14].