Becky Cloonan si appassiona ai fumetti in tenera età grazie al padre, che era solito leggerle albi di Silver Surfer e dei Fantastici Quattro[1]. Raggiunta la maggiore età, si iscrive alla School of Visual Arts di New York per studiare animazione, abbandonandola nel 2001 per lavorare nel campo dei fumetti[1].
La sua carriera comincia con la pubblicazione di fumetti indipendenti insieme al collettivo di artisti Meathaus, ottenendo il suo primo incarico di rilievo nel 2003, collaborando con lo scrittore Brian Wood alla miniserie Channel Zero: Jennie One, pubblicata dalla AiT/Planet Lar. Sempre con Wood realizza nel 2004 la miniserie Demo, ottenendo numerosi riconoscimenti, tra cui due candidature agli Eisner Award[2].
Nel 2006, in collaborazione con lo scrittore Steven T. Seagle, crea la serie American Virgin per l'etichetta Vertigo della DC Comics, conclusasi prematuramente con il numero 23[3].
Nel 2007 pubblica per la Tokyopop East Coast Rising, il suo primo graphic novel come autrice unica, che gli varrà un'ulteriore candidatura agli Eisner nella categoria miglior nuova serie[4].
Nel 2012 disegna Ghost in the Machine, storia pubblicata sul numero 12 della serie regolare di Batman durante il reboot The New 52, diventando così la prima donna ad aver disegnato sulla serie regolare del Cavaliere Oscuro[1][5].
Nel 2014 è co-creatrice, scrittrice e cover artist della serie Gotham Academy per DC Comics[6].
Dal 2015 scrive la serie Southern Cross, pubblicata da Image Comics.
Nel 2016 diviene la scrittrice della serie regolare The Punisher per la Marvel Comics, incarico che mantiene fino al rilancio Marvel Legacy[7], in occasione del quale diviene la copertinista della serie regolare di Moon Knight.