Colto prelato ed attento bibliofilo, dal 1697 diviene uno strenuo difensore della Curia Papale, con una posizione reazionaria.
Nel 1708 fu protagonista di una forte controversia tra la Santa Sede e gli Estensi (appena tornati a Modena) per il possesso di Comacchio.
Comacchio era un territorio che la Chiesa si era annesso nel 1598 insieme con il ducato di Ferrara, e che ora Giuseppe I occupava rivendicandolo all'Impero e alla Casa d'Este.
Il conflitto giurisdizionale che ne scaturì fu molto acceso, soprattutto da parte del Fontanini che difendeva le posizioni della Santa Sede e che non risparmiò offese al sacerdote Ludovico Antonio Muratori, suo avversario in quanto consigliere degli estensi.
Questa controversia venne dettagliatamente compendiata nella Piena esposizione dei diritti imperiali ed estensi sopra la città di Comacchio (1712) del Muratori.
In risposta alle obiezioni del Fontanini, Muratori pubblicò i primi saggi Antiquitates italicae e Antichità estensi, con la rivendicazione delle antiche origini del casato.
Con il libero accesso ai documenti vaticani si appropriò di innumerevoli testi.
Compose numerose opere erudite quali De antiquitatibus Hortae coloniae Etruscorum (edizioni 1708, 1723, 1728)[1], Dissertatio de corona ferrea langobardorum, delle masnade ed altri servi secondo l'uso dei Longobardi[2].
La sua opera più importante è la Biblioteca dell'eloquenza italiana (1726), una bibliografia delle lettere, che fu più tardi corretta ed integrata da Apostolo Zeno, storico e poeta (1753).
L'importanza di questo progetto è evidenziata nel sottotitolo: Dove ordinatamente sono disposte le opere stampate in nostra lingua volgare sopra le discipline e le materie principali.
Una classificazione del sapere, quindi, ma con un rivoluzionario piano linguistico: il volgare, ormai lingua nazionale.
Le discipline nelle quali divide la sua Biblioteca dell'eloquenza sono: grammatica, retorica, poesia, drammatici (teatro), lirici, istoria, filosofia, teologia.
Sono presenti, e legittimate, sia opere volgari che le volgarizzazioni di opere antiche.
Le aspre critiche degli intellettuali del tempo per le numerose omissioni ed imprecisioni non diminuiscono il valore di questa Biblioteca, che è riconosciuta come il primo passo di sistemazione delle opere italiane.
La grande importanza del materiale storico raccolto è forse la più grande testimonianza di quanto Giusto Fontanini sia riconosciuto come uno tra gli esponenti più considerevoli degli eruditi ed intellettuali del suo tempo.
Compendio della vita di mons. Giusto Fontanini, in Raccolta d'opuscoli scientifici e filologici, a cura di Angelo Calogerà, XV, Venezia 1737, pp. 337–357;
Clarorum Venetorum ad Antonium Magliabechium nonnullosque alios epistolae, Florentiae 1745, ad Indicem;
Domenico Fontanini, Memorie della vita di mons. Giusto Fontanini, Venezia 1755;
Lettere scritte a Roma al sig. abate Giusto Fontanini, Venezia 1762;
Correspondance inédite de Mabillon et de Montfaucon avec l'Italie, a cura di M. Valery [A-CI. Pasquin], Paris 1846, 1-111, ad Indicem;
Lettere inedite... del Fontanini, a cura di E.D. Petrella, in Rivista storica benedettina, VII (1912), pp. 288–295;
Scipione Maffei, Epistolario, a cura di C. Garibotto, I-II, Milano 1955, Passim;
Corrispondenza dell’abate Eusebio Rénaudot con Mons. Guido Passionei e con l’Abate Domenico Passionei negli anni 1708-1709, a cura di Elio Sgreccia, in Studia Picena, XXXII (1964), pp. 101 ss.;
Lettere e carte Magliabechi. Regesto, a cura di M. Doni Garfagnani, I-II, Roma 1981-88, in Fonti per la storia d'Italia, CXXXVII-CXLIII, ad Indicem;
Filippo Maria Renazzi, Storia dell'Università degli Studi di Roma, IV, Roma 1806, pp. 101–104;
Gian Giuseppe Liruti, Notizie delle vite ed opere scritte da' letterati del Friuli, IV, Venezia 1835, pp. 281–315;
Luigi Narducci, Notizie istoriche della Biblioteca comunale di San Daniele del Friuli, Venezia 1875, pp. 13 ss., 18 ss., 27 s.;
Isidoro Carini, L'Arcadia dal 1690, I, Roma 1891, pp. 45, 304, 315, 332 s., 361, 385, 404;
Arturo Carlo Jemolo, Il giansenismo in Italia prima della Rivoluzione, Bari 1928, pp. 102, 120;
Fausto Nicolini, Monsignor Celestino Galiani, Napoli 1931, pp. 19 s.;
Carlo Guido Mor, Giusto Fontanini, in Memorie storiche forogiuliesi, XXXII (1936), pp. 85–100;
Enrico Damming, Il movimento giansenista a Roma nella seconda metà del secolo XVIII, Città del Vaticano 1945, pp. VIII, 48-53, 72, 389;
Ernesto Codignola, Illuministi, giansenisti e giacobini nell'Italia del Settecento, Firenze 1947, pp. 195 s., 199;
Luigi Bellini, Comacchio nell'opera di Ludovico Antonio Muratori, in Atti e memorie della Deputazione ferrarese di storia patria, V (1950), 2, pp. 23 s., 42 ss.;
Giuseppe Vincenzo Vella, Il Passionei e la politica di Clemente XI (1708-1716), Roma-Napoli-Città di Castello 1953, pp. 9, 26, 37 s.;
Alberto Vecchi, Due documenti su Giusto Fontanini, in Memorie storiche forogiuliesi, XIII (1956-57), pp. 217–222;
Sergio Bertelli, Erudizione e storia in Ludovico Antonio Muratori, Napoli 1960, ad Indicem;
Emile Appolis, Entre jansénistes et zelanti. Le "Tiers parti" catholique au XVIIIe siècle, Paris 1960, ad Indicem;
Paola Berselli Ambri, L'opera di Montesquieu nel Settecento italiano, Firenze 1960, pp. 20, 35, 124;
Ludwig von Pastor, Storia dei papi, XV, Roma 1962, pp. 43, 387, 678, 692;
Léon-Pierre Raybaud, Papauté et pouvoir temporel sous les pontificats de Clément XII et Benoit XIV, 1730-1758, Paris 1963, pp. 95 s.;
Alberto Caracciolo, D. Passionei tra Roma e la repubblica delle lettere, Roma 1968, ad Indicem;
Matteo Schenetti, La vita di Lodovico Antonio Muratori ricavata dal suo epistolario, Torino 1972, pp. 31 s., 82, 101 ss.;
Michele Monaco, I rapporti di Ludovico Antonio Muratori con i "letterati" romani del suo tempo, in Ludovico Antonio Muratori Muratori e la cultura contemporanea..., I, Firenze 1975, pp. 66, 81-92, 94;
Franco Venturi, L'Italia fuori d'Italia, in Storia d'Italia (Einaudi), III, Torino 1973, p. 1009;
Luigi Fiorani, Il Concilio romano del 1725, Roma 1978, pp. 76, 87, 127, 255, 257;
Maria Rosa Di Simone, La "Sapienza" romana nel Settecento, Roma 1980, pp. 83, 112, 188;
P. Stella, in Dictionnaire d'Histoire et de Géographie Ecclésiastiques, XVII, Paris 1971, coll. 875 ss.;
Claudio Donati, La Chiesa di Roma tra antico regime e riforme settecentesche (1675-1760), in Storia d'Italia (Einaudi), Annali, IX, La Chiesa e il potere politico dal Medioevo all'età contemporanea, a cura di G. Chittolini - G. Miccoli, Torino 1986, p. 740;
Giuseppe Mazzatinti, Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia, III, pp. 108, 145-152;
Remigius Ritzler - Pirmin Sefrin, Hierarchia catholica medii et recentioris aevi, V, Patavii 1952, p. 84;
Lorenzo Di Lenardo, Giusto Fontanini, in Dizionario biografico dei friulani. Nuovo Liruti online, Istituto Pio Paschini per la storia della Chiesa in Friuli.