Fu scelto nel corso del secondo giro (53º assoluto) del Draft NFL 2013 dai Cincinnati Bengals. Al college ha giocato a football alla SMU. Nell'atletica leggera era specializzato principalmente nel getto del peso e nel lancio del disco. In carriera ha vinto due titoli mondiali juniores nel 2006 a Pechino: uno nel peso ed uno nel disco.
Il 26 aprile 2013, Hunt fu scelto nel corso del secondo giro del Draft 2013 dai Cincinnati Bengals[1]. Debuttò come professionista nella settimana 5 contro i New England Patriots. Nell'ultima sfida della stagione Cincinnati batté i Baltimore Ravens con Hunt che mise a segno il suo primo sack (condiviso) su Joe Flacco[2]. La sua annata da rookie si concluse con 3 tackle e 0,5 sack in 10 presenze, nessuna delle quali come titolare. Nella successiva continuò ad essere impiegato come riserva, terminando con 7 tackle e un sack in 12 presenze.
Il 13 marzo 2017, Hunt firmò un contratto biennale con gli Indianapolis Colts.[3] Nella sua prima stagione con i Colts, Hunt totalizzò 29 placcaggi e un sack.[4]
Nella gara del primo turno della stagione 2018, contro i Cincinnati Bengals, Hunt fece registrare due sack.[5] Nel terzo turno contro i Philadelphia Eagles, Hunt fece registrare quattro placcaggi, un sack e un fumble recuperato che forzò egli stesso. Terminò la stagione con 15 presenze da titolare, 30 placcaggi totali (22 solitari), cinque sack, un fumble forzato e uno recuperato.
^(EN) Bowen, Kevin, Colts Sign Defensive End Margus Hunt, su Colts.com, 13 marzo 2017. URL consultato il 13 novembre 2018 (archiviato dall'url originale il 19 marzo 2017).